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Genotipificación muestras Virus
Respiratorio Sincicial
Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y
de Referencia
Subdepartamento Enfermedades Virales,
Sección Virus Respiratorios y Exantemáticos
Subdepartamento Genética Molecular
Julio 2011
Introducción
• El Virus Respiratorio Sincicial (VRS) está clasificado en los
grupo A y B basado en la variabilidad de la glicoproteína G.
• En el grupo A se han identificado varios genotipos, GA1 a
GA7; SAA1 (Sudáfrica); NA1 y NA2.
• En el grupo B se han identificado los genotipos GB1 a GB4;
SAB1 a SAB3 y los genotipos BA1 A BA10. Los genotipos
BA fueron identificados en Buenos Aires, Argentina en
1999, y se caracterizan por tener una duplicación de 60
nucleótidos en una región de la proteína G. Estas cepas se
han diseminado por todo el mundo, encontrándose diversos
genotipos en este grupo.
• La genotipificación de VRS permite definir cual o cuales de
los genotipos descritos son los causantes de brotes, o
identificar nuevos genotipos.
Metodología
• En el ISP se ha realizado un estudio preliminar en 30
muestras de aspirado nasofaríngeo de pacientes de la
región Metropolitana positivas para VRS a nivel local por
Inmunofluorescencia.
• Se amplificó mediante RT-PCR una región de 700 pares de
bases del gen que codifica para la glicoproteína G, la cual
media la unión del virus a la célula. El producto de PCR
obtenido fue purificado y secuenciado en un equipo ABIS
PRISM de Applied biosystem 3130 y el análisis
bioinformático de las secuencias se realizó con los
programas Chromas, Biedit y MEGA.
Resultados
• El análisis filogenético demostró que el 77% (n= 23) de
las muestras analizadas correspondió al grupo B de VRS,
siendo predominante el genotipo BA9 (87%).
• El grupo A se observó en el 23% (n= 7) de las muestras,
todas correspondieron al genotipo GA2.
Resumen muestras Virus Respiratorio Sincicial
Secuenciadas en el ISP*
Grupo
n
Genotipo: n (%)
A
7
GA2: 7 (100%)
B
23
BA9: 20 (87%)
BA10: 3 (13%)
* Todas las muestras secuenciadas provienen de la Región Metropolitana.
Árbol filogenético de Virus Respiratorio
Sincicial grupo A
13042-11
9444-11
Isfahan/A/09/88 (GA2)
16117-10
11427-11
Ab4026B01 (GA2)
TX68481 (GA3)
MO16 (GA3)
AL19452-2 (GA6)
CN1973 (GA7)
MO02 (GA7)
SA99V1239 (SAA1)
SA98V603 (SAA1)
CN2708 (GA5)
Ab5076Pt01 (GA5)
AL19556-3 (GA5)
Teheran/A/09/67 (GA1)
Kelardasht/A/09/5 (GA1)
Hamedan/A/09/19 (GA1)
0.02
Genotipo GA2
Árbol filogenético de Virus Respiratorio
Sincicial grupo B
13773-11
13770-11
13041-11
13034-11
13769-11
9897-11
10698-11
13776-11
13039.11
13766-11
NG-015-09
NG-119-07 (BA9)
NG-040-07 (BA9)
13775-11
13767-11
13038.11
13036-11
13040.11
13768-11
13777-11
10658-11
NG-080-03 (BA4)
NG-029-04 (BA4)
NG-099-07 (BA10)
NG-050-09 (BA10)
13035-11
13037-11
13774-11
NG-095-05 (BA7)
NG-050-05 (BA7)
NG-013-07 (BA8)
NG-166-06 (BA8)
BE/13159/02 (BA6)
BE/46/03 (BA5)
NG-008-09 (BA2)
NG-010-09 (BA2)
BA/4974/03 (BA1)
BA/1441/02 (BA1)
BE/553/03 (BA3)
TX69208 (GB3)
TX69208/1 (GB3)
SA98V192/1 (SAB3)
mon/7/99 (SAB3)
mon/2/99 (SAB3)
WV10010 (GB1)
WV15291 (GB1)
CH10b (GB1)
Ken/2/00 (SAB1)
SA0025 (SAB1)
SA0025/1 (SAB1)
SA99V800 (SAB2)
SA99V1325 (SAB2)
SA98V602 (GB4)
NY01 (GB4)
0.01
Genotipo BA9
Genotipo BA10
Conclusiones
En esta muestra analizada se determinó que:
El grupo más prevalente corresponde a VRS B
Existe circulación de más de un genotipo,
siendo el más prevalente el genotipo BA9.