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Métodos diagnósticos convencionales y moleculares para la detección de infecciones gastrointestinales Inés Valledor, Silvia Valledor, Claudia Mendoza , Jessica Bueno, C. Seral, F.J Castillo Presentado por: Dra. Cristina Seral Málaga, 12 mayo 2017 Objetivo del estudio: Realizar una comparación de distintos test rápidos de PCR a Tiempo Real (Panel gastrointestinal) respecto a los métodos de diagnóstico rutinario. Material y métodos Diagnóstico qPCR Diagnóstico rutinario según petición clínica N muestras N muestras Bacterias 570 517 Virus 570 246 Protozoos Toxinas Clostridium 570 256 570 167 570 muestras fecales (Octubre 2016Enero 2017) Se estudiaron 17 patógenos gastrointestinales Procedimiento: 1. Extracción DNA a partir de muestras fecales frescas (“VIASURE DNA-RNA Extraction Kit“) 6 Virus entéricos Gen amplificado 2. Amplificación de ácidos nucleicos mediante PCR a tiempo real 5 bacterias entéricas Gen amplificado 5 protozoos Rotavirus NSP3 Salmonella invA Giardia lambia Adenovirus Hexón Región genómica ORF1b Región conservada ORF1 Región conservada ORF2 Región genómica ORF1 Campylobacter 16 srRNA Cryptosporidium Yersinia ail E. histolytica Shigella ipaH E. dispar Clostridium difficile 16S rRNA Dientamoeba fragilis CD toxina B tcdB Astrovirus Norovirus GI Norovirus GII Sapovirus Gen amplificado Región conservada 18srRNA 5.8 srRNA Resultados Muestras Salmonella enterica Campylobacter sp Enteropatógenos Yersinia enterocolitica n= 517 Shigella sp Aeromonas sp Virus entéricos n=246 Rotavirus Adenovirus Astrovirus Diagnóstico rutinario 4,25% 6,90% 0,77% 0,19% 3,80% Total 16,05% 0,81% 6,09% 0,40% Protozoos n=256 4,40% Sapovirus Cryptosporidium sp Giardia lambia N.A 11,70% 0% 1,90% Entamoeba sp 0,78% Dientamoeba N.A Total C. difficile n=167 C. difficile GDH C. difficile tox B 5% 18,50% 1,70% 1,54% N.A Total Total Total *Total toxigénicos 19,49% 17,30% 13,70% 16,16% 13,70% 13,70% 81,54% 0,78% 2,70% 0,39% 3,12% 12,50% E. histolytica E. dispar 3% 26,74% 5,20% 32,90% 1,60% 1,60% 25,20% 15,04% Norovirus GI Norovirus GII Norovirus Total Diagnóstico qPCR *Total toxigénicos 13,70% Coinfecciones detectadas por RT-PCR Bacterias entéricas Virus entéricos Protozoos C.difficile toxigénico Bacterias entéricas n positivas = 139 / 61 (44%) 18 (13%) 12(8,6%) Virus entéricos n positivas = 221 61 (27,6%) / 31 (14%) 19 (8,5%) Protozoos n positivas = 96 21 (21,8%) 31 (32,3%) / 3 (3,1%) C.difficile toxigénico n positivas = 50 12 (24%) 19 (38%) 3 (6%) / Las coinfecciones más frecuentes mediante coprocultivo fueron entre bacterias entéricas-virus entéricos 2/83 (2.4%). Conclusiones Panel Gastrointestinal – Diagnóstico molecular RT-PCR Inconvenientes Ventajas Cepa Sensibilidad y especificidad Identificación a nivel de especie Rapidez Sensibilidad antimicrobiana Epidemiología Detección directa de la muestra Coste Mayor detección de coinfecciones Detección de otros patógenos
