Download bioclipse - Departamento de Sistemas Informáticos

Edición y diseño de estructuras biológicas para la investigación.
Un entorno de Software libre para Bio y Químico-Informáticos.
Carlos del Castillo Ortiz
Félix Saavedra Rodríguez
Introducción
Proyecto basado en Java, de código abierto.
 Plataforma visual informática para químicos y biólogos, basada en
Eclipse Rich Client Platform (RCP).
Plugin que hereda la arquitectura y la funcionalidad básica de las
interfaces visuales Eclipse, así como el sistema de ayuda, actualización de
software, preferencias, una plataforma de despegue, etc.
Bioclipse está desarrollado con la colaboración de varios estamentos:
• “Proteochemometric Group”,
departamento de bio-ciencia
farmacéutica
• Universidad de Uppsala (Suecia)
•Grupo de Investigación en Informática Molecular de la Universidad de
Colonia, por el Centro de Bio-informática (CUBIC).
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Introducción
Desarrollado especialmente para el estudio de cadenas de proteínas,
moléculas, etc.
Se puede encontrar una larga lista de composiciones químicas predibujadas más sencillas.
Bioclipse se conecta por Internet a varias bases de datos para actualizar y
descargarse nuevos modelos.
Existe una extensa librería que permite modificar las estructuras e
interactuar con ellas en dos y tres dimensiones.
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Versiones estables
Bioclipse 1.0.1 (1 Febrero 2007)
•CDK (bc_cdk)
•Jmol (cb_jmol)
•Biojava (bc_biojava)
Bioclipse 1.1.3 (21 Junio 2007)
•Actualización plugins y scripts
•RSS Feeds
•Uso de BBDD relacionales
•Mejora Interface de Usuario
•…
Bioclipse 2.0 Beta (versión estable para primeros meses de 2008)
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Antes de Nada
1) Prerrequisitos
El único requisito es tener Java 5.0 (o superior) instalado. Puedes
descargarlo desde: Sun y seleccionar "Java Runtime Environment (JRE)
5.0".
2) Descargar Bioclipse
Descarga la última versión de Bioclipse, desde:
http://sourceforge.net/projects/bioclipse/
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Primeros pasos
3) Instalación
Bioclipse se distribuye como un archivo ZIP. Se extrae el
archivo en cualquier parte del disco duro local.
Se creara el directorio “Bioclipse". En este directorio, se
encuentra el archivo ejecutable de Bioclipse en formato “.jar”.
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Uso de Bioclipse
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Uso de Bioclipse
•La consola de Bioclipse muestra mensajes destinados al usuario.
•La ventana de propiedades muestra las características actuales de un
recurso. (modificables)
•En el navegador de fuentes se encuentra la carpeta base o raíz. Si
queremos cambiar la carpeta raíz, hacemos clic con el botón derecho y
seleccionamos "Set Root folder" y tendremos un nuevo directorio base.
•Puedes cambiar el tamaño y mover los puntos de vista para que
Bioclipse tenga el aspecto que quieras. El diseño quedara guardado
para sesiones posteriores.
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Características
•Importación y exportación en diversos formatos de archivo.
•Edición visual de estructuras moleculares en 2D.
•Visualización 3D de moléculas y proteínas.
•Edición y visualización de secuencias y características (ADN, ARN,
proteínas etc.)
•Graficacion y edición de diversos tipos de espectros, ej. NMR, MS.
•Recuperación de los recursos (secuencias, proteínas, etc.), con datos
de carácter público (en repositorios).
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Características
•PDB- editor con resaltado de sintaxis para trabajar con archivos PDB.
•CMLRSS-visor para la descarga de productos o contenidos químicos
publicados en la web mediante RSS-feeds.
•Chemtree para mostrar una vista jerárquica de subestructuras
moleculares y macromoleculares.
•Visualizacion de propiedades quimicas.
•Poderoso lenguaje basado en Mozilla Rhino para la automatización de
tareas.
•Conexión con programas externos, e. j. PyMol.
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Características
Se ejecuta en su computadora local, pero también da la
posibilidad de comunicarse con servidores para la recuperación de
datos y servicios de cómputo. La potente arquitectura se basa en
Eclipse[2].
Destacamos tres principales aplicaciones, que son la edición
de representaciones de moléculas bidimensionales, la visualización y
programación de estructuras en 3D y la edición de secuencias de
aminoácidos
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Instalación de Datos de ejemplo
1. Nos colocamos en el navegador donde deseamos crear el
directorio con el ejemplo de muestra.
2. En el menú, seleccionamos "Operations -> install sample
data".
3. Confirmamos, y el directorio será creado en el titulo
"Sample data", que contiene varios recursos para realizar
pruebas.
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USO PRACTICO
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BIOCLIPSE EN COMUNIDAD
Código Abierto -> Comunidad
DESARROLLO
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Scripts
Plugins
Moléculas y Secuencias
Funciones
Interfaces
Tutoriales
Motores
Testing
BIOCLIPSE v.2.0
HERRAMIENTAS
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•
•
Repositorios
Blogs
RSS feeds
Foros
Chats
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Bibliografía
•http://www.bioclipse.net
•http://wiki.bioclipse.net
•http://bioclipse.blogspot.com
•http://en.wikipedia.org/wiki/Bioclipse
•http://sourceforge.net/projects/bioclipse/
•http://bioclipse.softonic.com
•Menú Help/Help Contents.
•Canal IRC #bioclipse
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RUEGOS
O
PREGUNTAS
GRACIAS POR SU ATENCIÓN
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