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Desarrollo de estudios independientes de cultivos de un microbiota. A. El DNA se extrae directamente de una muestra de un hábitat corporal humano
asociado con una comunidad microbiana. Se recopilan la localización precisa de la comunidad y los datos clínicos relevantes del paciente. La reacción en
cadena de la polimerasa (PCR) se utiliza para amplificar porciones de los genes de rRNA de las subunidades pequeñas (SSU) (p. ej., los genes que
codifican al rRNA 16S bacteriano) que contienen una o más regiones variables. Se diseñan cebadores con códigos de barras específicos para la muestra
y con corrección de error, para reconocer las regiones más conservadas del gen del 16s rRNA que flanquean la región (o regiones) variable blanco. B.
Los amplicones con códigos de barras de múltiples muestras (comunidades 1-3) son agrupados juntos y secuenciados en serie en un secuenciador de
De: El microbioma humano, Harrison. Principios de Medicina Interna, 19e
DNA de siguiente generación con gran paralelismo. C. Las lecturas resultantes son entonces procesadas, con códigos de barras que denotan la muestra
Citación:
Kasper D, Después
Fauci A, Hauser
S, Longo
D, Jameson
J, Loscalzo
J. Harrison.
Principios
de Medicina
Interna,
19e;
2016 En:
de la que procede
la secuencia.
de remover
in silico
las secuencias
con códigos
de barras,
se alinean
las lecturas
y se
agrupan
de acuerdo con
http://mhmedical.com/
Recuperado:
June
06,
2017
un nivel específico de identidad compartida; por ejemplo, secuencias que comparten ≥ 97% de la identidad de la secuencia de los nucleótidos se
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considera que
representan
especies.
Una vez
que las All
secuencias
son codificadas de caracteres binarios a unidades taxonómicas operacionales (OTU,
operational taxonomic units), se colocan en un árbol filogenético de todas las bacterias conocidas y se infiere su filogenia. D. Las comunidades se pueden