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CONSORCIO DE SECUENCIACION MASIVA Material de partida A continuación se detallan las cantidades de material de partida necesarios para las diferentes aplicaciones en las diferentes plataformas aunque siempre se recomienda ponerse en contacto con el Responsable del Servicio de Genómica (Gemma Rodríguez‐Tarduchy, grodriguez@iib.uam.es, 91 585 44 74/4470) porque las técnicas y protocolos están evolucionando tan rápidamente que continuamente se producen actualizaciones en los requerimientos . ILLUMINA‐GA‐IIx TIPO DE MUESTRA CANTIDAD NECESARIA VOLUMEN MÍNIMO DNA genómico 5 µg 50 µl ChIP‐enriched DNA 10 ng 30 µl RNA 1‐10 µg 50 µl mRNA purificado 100 ng 16 µl small RNA 1‐10 µg 5 µl Mate‐paired (2‐5 kb) 10 µg 70 µl TIPO DE MUESTRA CANTIDAD NECESARIA VOLUMEN MÍNIMO DNA genómico 3‐10 µg 100 µl DNA genómico 500 ng 100 µl Paired‐end (3kb) 5 µg 100 µl Paired‐end (8‐20kb) 20 µg 150 µl RNA 200 ng 19 µl Amplicones 5‐20 ng gDNA 1 µl Amplicones 1‐2 ng plasmid 1 µl Cuantificación Por método fluorimétrico Ratio260/280 1,8 ‐ 2,0 RIN (RNA) ≥ 8 Integridad máxima posible ROCHE‐454 OTROS REQUISITOS Los investigadores del IIBm como miembros del Consorcio disfrutarán de unas tarifas más ventajosas. Para presupuestar el coste de los diferentes proyectos contactar con el Responsable de Genómica del IIBm (Gemma Rodríguez‐Tarduchy, grodriguez@iib.uam.es, 91 585 44 74/4470) SERVICIO DE GENOMICA DEL IIBm (SQP) ELABORADO POR: Gemma Rodríguez‐Tarduchy. Responsable del SQP. Fecha: 05.10.11. Rev 00
