Download promotores inducibles en hongos filamentosos
Document related concepts
Transcript
, PROMOTORES INDUCIBLES EN HONGOS FILAMENTOSOS Yazmin Hernández-Díaza aDivisión Academica Multidisciplinaria de Jalpa de Méndez, Universidad Juárez Autónoma de Tabasco, Jalpa de Méndez, Tabasco, México, yazmin.hdez.diaz@gmail.com. RESUMEN Los hongos filamentosos son considerados un grupo importante en diversas áreas tales como salud, industria, alimentación y agricultura debido a la variedad de metabolitos secundarios que son obtenidos con fines comerciales. Por el potencial enzimático que tienen codificado es su genoma es fundamental el diseño y generación de herramientas moleculares, tales como vectores de expresión que permitan estudiar la función de genes y obtener proteínas recombinantes. La expresión constitutiva del gen, llevado a cabo por un amplio rango de promotores constitutivos, no siempre es la opción más adecuada a utilizar en la generación de vectores, debido a que la obtención de proteínas recombinantes puede tener un efecto toxico en el microorganismo en constantes niveles altos de expresión. Debido a lo mencionado anteriormente, hoy en día se cuenta con una variedad de promotores inducibles a utilizar que han permitido regular estrictamente la expresión del gen de interés, obtener proteínas toxicas y generar mutantes de expresión condicional en genes esenciales para la viabilidad de la célula. En el presente trabajo hemos realizado una búsqueda de los promotores inducibles más empleados en hongos filamentosos e incluimos los nombres de los genes que son regulados por los promotores inducibles y los datos de las especies donde se han empleado, con la finalidad que el investigador cuente con datos que puedan facilitarle la generación de vectores de expresión en hongos filamentosos. 1. INTRODUCCIÓN Los hongos filamentosos pueden producir diversos metabolitos secundarios que son obtenidos con fines comerciales como antibióticos, inmunosupresores y enzimas empleadas en varios sectores industriales (Meyer et al., 2011). Empleando la biología molecular, investigadores son capaces de utilizar las propiedades de los hongos filamentosos para una variedad de propósitos científicos y biotecnológicos. El primer paso para alcanzar tales metas es diseñar herramientas moleculares, tales como efectivos vectores de expresión de genes. Los vectores de expresión permiten estudiar la función de genes de origen homólogo o heterólogo en el organismo de interés. El vector de expresión debe reunir elementos básicos y adecuados para su utilización, debe ser portador de un promotor, terminador, marcador genético seleccionable en la cepa hospedante y un sitio de clonación múltiple provisto de varios sitios únicos para diferentes enzimas de restricción, de modo que en cada experimento se pueda elegir la que más convenga para la inserción del gen de interés. En este trabajo describimos los promotores inducibles que pueden formar parte de un vector de expresión, incluyendo la información de los genes, géneros y/o especies de hongos filamentosos donde ya se han empleado dicho elemento. Esta revisión provee datos que pueden facilitar al investigador la toma de decisiones acerca de cómo diseñar un vector de expresión y las estrategias experimentales que debe usar en su investigación. 1 2. PROMOTORES INDUCIBLES La transcripción de un gen está controlada en la iniciación por la interacción de la RNA polimerasa con su promotor. Debido a que los promotores dirigen la transcripción del gen de interés son considerados elementos claves en un sistema de expresión y en la actualidad existen una variedad de promotores con diferentes secuencias y propiedades. Existen dos opciones de promotores a utilizar en un sistema de expresión: promotores constitutivos o inducibles. La elección del tipo de promotor a utilizar es determinada por las características del organismo y las propiedades de la proteína de interés que se desea producir. La expresión constitutiva del gen, llevado a cabo por un amplio rango de promotores constitutivos, no siempre es la opción más adecuada a utilizar en la generación de vectores, debido a que la obtención de proteínas recombinantes puede tener un efecto toxico en el microorganismo en constantes niveles altos de expresión. Debido a lo mencionado anteriormente, hoy en día se cuenta con una variedad de promotores inducibles a utilizar que han permitido regular estrictamente la expresión del gen de interés, obtener proteínas toxicas y generar mutantes de expresión condicional en genes esenciales para la viabilidad de la célula (Shoji et al., 2005). La mayoría de los promotores inducibles son dependientes por alguna fuente de carbono: el promotor del gen glucoamilasa de A. nidulans (glaA), el promotor del gen deshidrogenasa catabólica (qa-2) y del gen piruvato descarboxilasa (cfp) de Neurospora crassa (Bleichrodt et al., 2012; Cheng et al., 2001; Temporini et al., 2004) o dependientes de alguna fuente de nitrógeno. El sistema inducible por etanol (fuente de nitrógeno) se encuentra conformado por tres componentes: el promotor del gen que codifica para el alcohol deshidrogenasa de A. nidulans (alcA), una proteína regulatoria (ALCR) y un tercer componente que se basa en la fusión de un promotor constitutivo al gen alcR. En presencia de etanol la ALCR se une a las secuencias dianas del promotor alcA y dirige la expresión del gen rio abajo (Nikolaev et al., 2002; Peebles et al., 2007; Xing-gang et al., 2009), este sistema de expresión ha permitido manipular la obtención de proteínas heterólogas en hongos. Sin embargo, el empleo de promotores inducibles dependientes del metabolismo (fuente de carbono o nitrógeno) presenta la desventaja de restringir la elección del medio de crecimiento, además que los fenotipos observados pueden ser ambiguos debido a efectos pleiotrópicos causados por cambios metabólicos (Meyer et al., 2011). En la búsqueda de emplear promotores independientes del metabolismo, tres sistemas han sido recientemente verificados para su aplicación en hongos filamentosos: el sistema inducible por tiamina (thiA) en A. oryzae y A. nidulans, el sistema inducible por luz (vvd) de N. crassa y un sistema basado en el operón de resistencia a tetraciclina (Tet) de E. coli en A. fumigatus, este último parece ser el más prominente para utilizar en hongos filamentosos (Hurley et al., 2012; Meyer et al., 2011; Shoji et al., 2005). Actualmente un amplio rango de diferentes promotores inducibles ha mostrado funcionar en diferentes especies de hongos filamentosos (Tabla 1). 3. CONCLUSION La secuenciación de genomas ha ayudado a entender la biología de los microorganismos, pero falta mucho por aprender acerca de la función de los genes, por lo que un sistema de expresión efectivo es requerido para las investigaciones en biología molecular. Este trabajo ha compilado toda la información necesaria acerca de los promotores inducibles. Estudios futuros deben ser dirigidos para generar una amplia variedad de vectores de expresión, los cuales proveen un mejor análisis de los mecanismos moleculares de la regulación de genes en hongos filamentosos. 2 Table 1. Promotores inducibles La tabla muestra los genes, la función de los productos de los genes y el inductor/represor de cada promotor. Promotor/ Sistema alcA Gen a regular gus amyB cbhB cfp lacZ gfp lacZ eth-1 hph Producto/función Inductor Represor Especie Referencias Beta-glucuronidasa Etanol Glucosa B. bassiana Xing-gang et al. (2009) Bromley et al. (2006) Dextrosa Cellobiohidrolasa Glucosa Glicerato Glucosa Etanol A. oryzae A. fumigatus N. crassa Shoji et al. (2005) Bromley et al. (2006) Temporini et al. (2004) Maltosa Xylosa A. nidulans A. niger Glucosa N. crassa Beta-galactosidasa Proteina verde fluorescente Beta- galactosidasa S-adenosylmetionina sintetasa Higromycina B fosfotransferasa uidA gfp Beta-glucuronidasa Proteina verde fluorescente frq wc-1 wc-2 cry Frecuencia White collar 1 White collar 2 Criptocromo Ácido quínico tet actA Actina Tetracyclina/ Doxycyclina thiA gfp Proteina verde fluorescente Tiamina Ausencia de tetracyclina/ doxycyclina Ausencia de tiamina vvd gfp gh5-1 wc-1 gfp Proteina verde fluorescente Celulosa White collar 1 Proteina verde fluorescente Luz Ausencia de luz Zearalenona Elevadas concentraciones de zearalenona glaA qa-2 zear Bleichrodt et al. (2012) Vinck et al. (2005) Cheng et al. (2001); Shi et al. (2010) Froehlich et al. (2010) 3 A. fumigatus A. niger Vogt et al. (2005) Meyer et al. (2011) A. nidulans A. oryzae N. crassa Shoji et al. (2005) Shoji et al. (2005) Hurley et al. (2012) Gibberella zeae Lee et al. (2010) BIBLIOGRAFÍA 1. Bleichrodt, R., Vinck, A., Krijgsheld, P., Van Leeuwen, M. R., Dijksterhuis, J. & Wösten, H. A. B. (2012). Cytosolic streaming in vegetative mycelium and aerial structures of Aspergillus niger. Studies in Mycology 74, 31–46. 2. Cheng, P., Yang, Y. & Liu, Y. (2001). Interlocked feedback loops contribute to the obustness of the Neurospora circadian clock. PNAS 98, 7408-7413. 3. Froehlich, A. C., Chen-Hui, C., Belden, W. J., Madeti, C., Roenneberg, T., Merrow, M., Loros, J. J. & Dunlap, J. C. (2010). Genetic and molecular characterization of a cryptochrome from the filamentous fungus Neurospora crassa. Eukaryot Cell 9, 738-750. 4. Hurley, J. M., Chen, C., Loros, J. J. & and Dunlap, J. C. (2012). Light-Inducible System for Tunable Protein Expression in Neurospora crassa. G3 2, 1207-1212. 5. Meyer, V., Wanka, F., Van Gent, J., Arentshorst, M., Van den Honde, C. A. M. J. J. & Ram, A. F. J. (2011). Fungal Gene Expression on Demand: an Inducible, Tunable, and MetabolismIndependent Expression System for Aspergillus niger. Appl Environ Microbiol 77, 2975-2983. 6. Shoji, J., Maruyama, J., Arioka, M. & Kitamoto, K. (2005). Development of Aspergillus oryzae thiA promoter as a tool for molecular biological studies. FEMS Microbiol Lett 244, 41-46. 7. Nikolaev, I., Mathieu, M., Van de vondervoort, P. J. I., Visser, J. & Felenbok, B. (2002). Heterologous expression of the Aspergillus nidulans alcR-alcA system in Aspergillus niger. Fungal Genet Biol 37, 89–97. 8. Temporini, E. D., Alvarez, M. E., Mautino, M. R., Folco, H. D. & Rosa, A. L. (2004). The Neurospora crassa cfp promoter drives a carbon source-dependent expression of transgenes in filamentous fungi. J Appl Microbiol 96,1256-1264. 9. Peebles, C. A., Gibson, S. I., Shanks, J. V. & San, K.Y. (2007). Characterization of an ethanolinducible promoter system in Catharanthus roseus hairy roots. Biotechnol Prog 23, 1258–1260. 10. Vogt, K., Bhabhra, R., Rhodes, J. C. & Askew, D. S. (2005). Doxycycline regulated gene expression in the opportunistic fungal pathogen Aspergillus fumigatus. BMC Microbiol 5, 1-11 11. Xing-gang, L., Yong-jun, Z., Yan-hua, Fan., Jin-cheng, M., Yong-hong, Z., Dan, J. & Yan, P. (2009). An ethanol inducible alc system for regulating gene expression in Beauveria bassiana. World J Microbiol Biotechnol 25, 2065–2069. 4