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TP N° 7. Ligamiento II (tres puntos) - 2017
1) Primer cruzamiento
La frecuencia de la descendencia de este cruzamiento de prueba no corresponde a la que
deberíamos encontrar en distribución independiente (1/8 para cada clase). En
consecuencia, consideramos que estos genes están ligados.
BbCcFf x bbccff
B_C_F_
234 CP
B_C_ ff
67 IS
B_ccF_
23 ID
B_ccff
103 IS
bbC_F_
98 IS
bbC_ ff
27 ID
bbccF_
62 IS
bbccff
221 CP
Total
835
Procedimiento del método de los tres puntos:
I- Identificar las clases paternas (CP), intercambios simples (IS) y dobles (ID)
II- Comparar las CP con los ID para identificar el gen mediano:
CP
ID
B C F
B c F
b c f
b C f
Observamos que cambió la ubicación de C, c, en consecuencia éste es el gen ubicado en el
medio. En el caso que sea necesario se reordenan las clases ubicando adecuadamente el
gen mediano.
Gen mediano: C,c
RI
R II
B
C
F
b
c
f
Notación génico-cromosómica de los progenitores y de la F1:
B
B
Progenitores:
C F
X
C F
b
c
f
b
c
f
F 1:
B
C
F
b
c
f
III- Se determina la distancia entre los genes en la región I y II, a partir de las CP:
RI
R II
B
C
F
X
X
b
c
f
B c = 23 + 103 = 126
RI
b C = 98 + 27 = 125
Total =
251
% Rec.= Σ Recombinaciones * 100
Total
R I = 251 / 835 * 100 = 30 % = 30 cM = 30 u.m. - Distancia B – C (R I)
C f = 67 + 27 = 94
R II
c F = 23 + 62 = 85
Total=
179
R II = 179 / 835 * 100 = 21,4 % = 21,4 cM = 21,4 u.m. – Distancia C – F (R II)
IV- Estimar el IC (índice de coincidencia): se puede estimar el porcentaje o frecuencia de
intercambios dobles de dos formas: a partir de la cantidad de individuos con intercambios
dobles observados en la progenie del cruzamiento de prueba (ID obs.) o a partir de las
distancias estimadas entre los tres genes (R I y R II) (ID calc.).
Intercambios Dobles observados (ID obs.) = (23 + 27) / 835 * 100 = 5,9 %
Expresado en términos de probabilidad sería 0,059.
Intercambios Dobles calculados o estimados (ID calc.):
Se considera que la ocurrencia simultánea de un IS en cada región son hechos
independientes y, por consiguiente, se pueden obtener los ID a través del producto de las
probabilidades parciales.
IDcalc.= 0,30 * 0,214= 0,064
Podemos ver que se observaron menos ID que los que se esperaba (5,9 % versus 6,4 %).
Esto significa que en realidad la ocurrencia de IS no son hechos independientes. Por lo
tanto, la ocurrencia de un IS en una región inhibe o interfiere en la ocurrencia de otro a
continuación. Así, se puede estimar el Índice de Coincidencia (IC):
IC = ID obs.= 0,059 = 0,92
1 – IC= Índice de Interferencia
ID calc. 0,064
El IC adopta valores entre 0 y 1, nuestros cálculos indican que se obtuvieron sólo un 92%
de los ID que se esperaban.
El índice de interferencia es de 0,08 (Interf.= 1-IC).
a) Notaciòn génica de la F1 y sus progenitores: (VER II-).
Segundo cruzamiento
Genes ligados.
Gen mediano: L,l
Ll MmOo x llmmoo
L_M_O_
57 IS
L_M_ oo
140 CP
L_mmO_
16 ID
L_mmoo
96 IS
llM_O_
98 IS
llM_ oo
12 ID
llmmO_
133 CP
llmmoo
52 IS
Total
RI
m
l
M
L
604
R II
O
o
Progenitores:
M L o
X
M L
o
F 1:
M
L
o
m
l
O
Distancia M-L: 36,7%= 36,7 cM = 36,7 u.m. (distancia RI)
m
l
O
m
l
O
Distancia L-O: 22,7%= 22,7 cM = 22,7 u.m. (distancia RII)
ID obs.: 4.6% =0.046
IDcalc.: 0.367 * 0.227= 0.083
IC= 0.046/ 0.083 = 0.55
Tercer cruzamiento
RrSsTt x rrsstt
R_S_T_
152
R_S_ tt
148
R_ssT_
142
R_sstt
155
rrlS_T_
150
rrS_ tt
149
rrssT_
151
rrsstt
152
La frecuencia de la descendencia de este cruzamiento de prueba, corresponden a la que
deberíamos encontrar en distribución independiente (1/8 para cada clase). En
consecuencia consideramos que estos genes no están ligados.
F1: Rr Ss Tt
Progenitores:
R
S
T
R
S
T
r
s
t
R
S
T
r
s
t
r
s
t
X
2) A 10 um B 15 um C
RI
R II
a)
F1 de genotipo A b c / a B C
Cruzamiento de prueba:
Abc/aBC x abc/abc
IS (RI)
ID
IS (RI)
ID
CP
IS (RII)
CP
IS (RII)
Fenotipo
A_B_ C_
A_ B_ cc
aa bb cc
aa bb C_
A_ bb cc
A_ bb C_
aa B_ C_
aa B_ cc
0% Interf.
0,05
0,0075
0,05
0,0075
0,3675
0,075
0,3675
0,075
20% Interf.
0,05
0,006
0,05
0,006
0,369
0,075
0,369
0,075
a) En ausencia de Interferencia, IC = 1.
IC = ID obs. = 1 = ID observ.= 1 * 0,015 = ID obs.= 0,015 (correspondiéndole
ID calc.
0,015
0,0075 a cada clase de ID)
ID calc. = 0,10 * 0,15 = 0,015
R I= 10 um = 10 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R I, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,05 a cada clase de IS de la RI.
R II= 15 um = 15 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R II, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,075 a cada clase de IS para RII.
Para estimar las CP:
1= CP + IS (R I) + IS (RII) + ID
1= CP + 0,10 + 0,15 + 0,015
1= CP + 0,265
CP= 1 – 0,265= 0,735 (0,3675 a cada clase paterna)
De esta forma estimo las frecuencias de las gametas que luego coincidirán con los
fenotipos en el cruzamiento de prueba (datos volcados en la tabla).
b) Si la interferencia es del 20 %, el IC = 0,8
IC = ID obs.= 0,8 = ID obs.
ID calc.
0,015
0,8 * 0,015= ID observ.= 0,012 (correspondiéndole 0,006 a cada clase de ID)
R I= 10 um = 10 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R I, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,05 a cada clase de IS de la RI.
R II= 15 um = 15 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R II, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,075 a cada clase de IS para RII.
Para estimar las CP:
1= CP + IS (R I) + IS (RII) + ID
1= CP + 0,10 + 0,15 + 0,012
1= CP + 0,262
CP= 1 – 0,262= 0,738 (0,369 a cada clase paterna)
De esta forma estimo las frecuencias de las gametas que luego coincidirán con los
fenotipos en el cruzamiento de prueba (datos volcados en la tabla).
c) Si hay distribución independiente:
Aa Bb Cc @
Aa bb cc= ¼ * ¼* ¼= 1/64
Anafase I, para un individuo 2n=12
Distribución Independiente: los tres pares de genes en cromosomas diferentes
C
a
B
C
A
b
Ligamiento: Los tres pares de genes sobre el mismo cromosoma.
Abc
a BC
Problemas complementarios
1) "R" fruto rojo, "r" fruto amarillo.
"O" fruto redondo, "o" fruto alargado.
"S" inflorescencia sencilla, "s" inflorescencia compuesta.
RrSsTt x rrsstt
R_ O_ S_
4 ID
R_ oo S_
116 IS
R_ O_ ss
2538 CP
R_ oo ss
601 IS
rr O_ S_
626 Is
rr oo S_
2708 CP
rr O_ ss
113 IS
rr oo ss
2 ID
Total
6708
F1
R
s
O
r
S
o
Distancia R-S: 3,5%= 3,5 cM = 3,5 u.m. (distancia RI)
Distancia S-O: 18,4%= 18,4 cM = 18,4 u.m. (distancia RII)
R 3,5um S 18.4um O
ID obs. = 0,089% = (4 + 2) / 6708 * 100
ID calc. = 0,035 * 0,184= 0,63%
IC= 0,089/ 0,63 = 0,14
c) Interferencia = 1- IC = 0.86
2) bm= nervadura media parda; Bm=nervadura media verde claro
v= plántula virescente; V= plántula normal
pr= aleurona roja; Pr= aleurona normal
Bmbm Vv Ppr x bmbm vv prpr
Fenotipo
Bm_ V_ Pr_
bmbm vv Pr_
Bm_ vv prpr
Bm_ vv Pr_
bmbm vv prpr
Bm_ V_ prpr
bmbm V_ Pr_
bmbm V_ prpr
Total
Núm. de indiv.
232
46
84
201
235
40
77
194
Orden correcto:
Bm_ Pr_ V_
bmbm Pr_ vv
Bm_ prpr vv
Bm_ Pr_ vv
bmbm prpr vv
Bm_ prpr V_
bmbm Pr_V_
bmbm prpr V_
CP
ID
IS
IS
CP
ID
IS
IS
1109
Genes ligados
Gen mediano: Pr-pr
RI
Bm
bm
Clases paternas
Bm V Pr
bm v pr
R II
Pr
pr
V
v
Clases provenientes de intercambios dobles
bm v Pr
Bm V pr
El gen Pr es el central
Bm Pr V
bm pr v
Distancia en la R I:
Bm pr= 84+40= 124
bm Pr= 77+46= 123
247
% de recombinación = 247 * 100= 22,3 cM
1109
Distancia en la R II:
Pr v= 201+46= 247
pr V= 194+40= 234
481
% de recombinación = 481 * 100= 43,4 cM
1109
Mapa genético
22,3
Bm
43,4
Pr
V
Probabilidad de IDobs = (40+46) = 0,077
1109
Probabilidad de ID calculados = 0,223 * 0,434= 0,096
IC= 0,077 / 0,096 = 0,8
3) a – f = 10 cM
f – c = 5 cM.
Interferencia = 0,32
AFC/ afc x afc/ afc
A
a
F
f
RI
C
c
R II
Fenotipo
A_ F_ C_
aa ff cc
A_ ff cc
aa F_ C_
A_ F_ cc
aa ff C_
A_ ff C_
aa F_ cc
CP
CP
IS (RI)
IS (RI)
IS (RII)
IS (RII)
ID
ID
Interferencia = 0,32
0,42
0,42
0,05
0,05
0,025
0,025
0,0017
0,0017
R I= 10 cM = 10 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R I, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,05 a cada clase de IS de la RI.
R II= 5 cM = 5 %
Debido a que dos clases fenotípicas sufrieron IS en la R II, este valor se reparte entre
ambas en partes iguales, correspondiéndole 0,025 a cada clase de IS para RII.
Si la Interf = 0,32, el IC = 0,68
IC = ID obs.= 0,68 = ID obs.
ID calc.
0,10 * 0,05
ID observ.= (0,10 * 0,05) * 0,68 = 0,0034 (correspondiéndole 0,0017 a cada clase de ID)
Para estimar las CP:
1= CP + IS (R I) + IS (RII) + ID
1= CP + 0,10 + 0,05 + 0,0017
1= CP + 0,1517
CP= 1 – 0,1517= 0,84 (0,42 a cada clase paterna)
4) a) S e g / s E G x s e g / s e g, en ausencia de interferencia
S
e
g
s
E
G
15 cM 28 cM
a) Interferencia = 0
Clase
S
s
S
s
S
s
S
s
e
E
E
e
e
E
E
e
g
G
G
g
G
g
g
G
Proporción
CP
CP
IS
IS
IS
IS
ID
ID
0,264
0,264
0,075
0,075
0,14
0,14
0,021
0,021
b) En 1000
indiv:
264
264
75
75
140
140
21
21
c) Interferencia = 20%
Clase
S
s
S
s
S
s
S
s
e
E
E
e
e
E
E
e
g
G
G
g
G
g
g
G
Proporción
CP
CP
IS
IS
IS
IS
ID
ID
0,268
0,268
0,075
0,075
0,14
0,14
0,0168
0,0168
En 1000
indiv:
268
268
75
75
140
140
17
17
R I = 15% = 0,15 o sea: 0,075 para cada uno de los IS en R I.
R II = 28% = 0,28 o sea: 0,14 para cada uno de los IS en R II.
Si la interferencia es nula, el I.C. vale 1. Por lo tanto, los ID observados coinciden con los
calculados: ID obs. = ID calc.
ID calc. = Probab IS (R I) * Probab IS (R II) = 0,15 * 0,28 = 0,042
Por lo tanto, 0,042 / 2 = 0,021 para cada una de las clases de ID.
Las CP se calculan por diferencia:
CP = 1 – IS (R I) – IS (R II) – ID
= 1 – 0,15 – 0,28 – 0,042 = 0,528
Por lo tanto, 0,528 / 2 = 0,264 para cada una de las CP.
c) Si la Interf = 0,20, el I.C.= 0,80
I.C. = Probabilidad de ID obs. / Probab. de ID calc.
ID obs = I.C. * ID calc
= 0,8 * 0,15 * 0,28 = 0,336. Por lo tanto, 0,336 / 2 = 0,0168 es la frecuencia de cada
uno de las clases de ID obs.
CP = 1 – 0,15 – 0,28 – 0,0336 = 0,5364. Por lo tanto, 0,5364 / 2 = 0,268 es la frecuencia de
cada una de las CP.
Conclusión: Se modifican las proporciones de las clases fenotípicas obtenidas al considerar
una interferencia mayor a 0.