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Informáticabiomédica
Exposición
RodrigoSantamaría
AKABioinformática
Objetivos
• Buscamosterminarlaasignaturaconlas
siguienteshabilidades
1. Comprenderproblemasbiológicos básicos
2. Conocerlassolucionesalgorítmicasdisponibles
paradistintosproblemasbioinformáticos
3. Implementar dichosalgoritmos
4. Analizarlasimplicacionesestadísticas yde
rendimiento delassolucionesbioinformáticas
Enfoque
• Integrarenlasclasescuatroaspectos:
1.
2.
3.
4.
Teoríasobrelosproblemasbiológicos
Algoritmosbioinformáticos
Implementacióndedichosalgoritmos
Implicacionesestadísticas/computacionales
Entorno
• Entornobiológico:análisisdesecuencia
– Haymás,peroesteesprobablementeesencial
• Entornoinformático:python
– Lenguajemuyusadoenbioinformática
– Sencillodeaprender
– Sintaxisclara
EntornodeDesarrollo
• Spyder
– Requisitos:python 2.7
• Lainstalaciónesmuysencillasiseutilizael
gestorAnaconda
– http://continuum.io/downloads
– Instala directamente python,Spyder yotras
bibliotecas (ipython,numpy,scipy,etc.)
– Instalado enelAulaSUN:>spyder &
Dinámica
• Nodividiremosteoríaypráctica
– TodaslasclasesseránenelAulaSUN(tentativo)
• Rutina:
– Describiremosunproblemabiológico
– Revisaremoslassolucionesbioinformáticas
– Implementaremosdichassoluciones
– Analizaremosaspectos
computacionales/estadísticos(siprocede)
Evaluación
• Cadatemairáacompañadodeunaseriede
ejercicios
• Sistemadepuntosalaentrega
– Solucióncorrecta:+7
– Solucióncorrectamásrápida:+3
– Cadatresintentos:-1
• Lanotaseobtendráapartirdelospuntos
conseguidos
Temario
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Orígenesdereplicación – Python
CajasdeDNA – Patrones
Relojesmoleculares – Motivos
Ensamblado – GrafosdeDeBruijn
Mutaciones – Arrays yárbolesdesufijos
Genomas– TransformadadeBurrows-Wheeler
Temario
• Enelcursoveremossólounapartedetodala
bioinformática,enparticularrelacionadaconel
análisisdesecuencia
• Existenotrosmuchosaspectos
–
–
–
–
Análisisdeexpresión
Análisisfilogenético
Alineamientodesecuencias
Análisisdeimágenes3D
• Peroprobablementeelanálisisdesecuenciaseael
másrelevanteyunbuenprimerpaso
Bibliografía
•
Bioinformatics Algorithms:an active
learning approach.P.Compeau andP.
Pevzner.ActiveLearning Publishers,2014
– Unacopiadisponible enAbrahamZacut:
AZ/2/681.3,COMbio
•
Bioinformáticaaniveldeusuario:
– Bioinformatics for Dummies.TRoddend
Robinson. Wiley Publishing, 2005
– BioinformaticsandFunctionalGenomics.
JonathanPevsner, 2ndEd.Wiley
Publishing, 2009
•
Biología:conceptosbásicos
– The Cell,Avery ShortIntroduction.T.
AllenandG.Cowling.OxfordUniversity
Press,2011
Bibliografía
• Bioinformatics Algorithms:an activelearning
approach.
– BasadoenuncursodeCoursera
• https://www.coursera.org/course/bioinformatics
– Constituirá labasedelaasignatura,por temas:
•
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Tema1à Capítulo1
Tema2à Capítulo3
Tema3à Capítulo3
Tema4à Capítulo4
Tema5à Capítulo7
Tema6à Capítulo7
– Lasfigurasnopropiasysinreferenciaprocedende
estelibroodelcursoasociado.
Horario,Tutorías,Contacto
•
Horario:
– Martesde16a20h
– AulaSUN(tentativo)
•
Tutorías:
– Martesde16:30a19h
– CasadelParque#1
•
Contacto:
– rodri@usal.es
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