Download Interfaz gráfica para comparación de genomas vía web

BIOINFORMÁTICA:
INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB
Oscar Castro García
Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009
ÍNDICE
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
INTRODUCCIÓN
Qué es un genoma?
Secuenciación del ADN
TCAATATGGACGCCTGTAAAGGAGAGCATAGGCTATGTTTATGTTTCT
AGGCGCGTCACGGTTAAAGCGAGCAAGCTATTGGGTTCGCTTACTTT
GTTAGCGAGTTTAATATCTTTTGTGGTTGGTGCAGCATATGGTATTAC
La longitud de un genoma se contabiliza por su número de bases.
INTRODUCCIÓN
Sub-división de los genomas en 3 grandes
Dominios (Carl Woese)
Archaea
Bacteria
Eucariota
INTRODUCCIÓN
Maximal Unique Matchings
• Secuencias que aparecen en los dos genomas
• Únicas. No se repiten a lo largo de las secuencias
• Longitud mas larga posible
..taggcATGGCACAATAGaact..
..taggcATGGCACAATAGaact..
En el proceso evolutivo
de las especies, en
ocasiones la cadena de
un gen muta
invirtiéndose
completamente
..taacctagATGGCACAATAGtt..
..taacctagGATAACACGGTAtt..
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
ESTADO DEL ARTE
• MUMmer [1999]
• MUMs On-Line [2002]
• MALGEN [2003]
• M-GCAT [2006]
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
OBJETIVOS
• Proporcionar una interface gráfica vía web a la comunidad científica
para el estudio de las relaciones entre genomas.
• Claves: visión en detalle de la comparación de genomas para poder
observar los cambios evolutivos, interactividad con el usuario, fácil de
manejar e intuitiva.
• Modificar la aplicación principal (FILOMUMS) para que lance nuestra
interface.
• Generar los datos que necesitará nuestra aplicación.
• Gestionar el servidor web para poder lanzar nuestras aplicaciones.
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Conclusiones
Futuros desarrollos
IMPLEMENTACIÓN
Pre-proceso
Gestio_genomes
IMPLEMENTACIÓN
Pre-proceso
Gestio_genomes
Rename
IMPLEMENTACIÓN
Pre-proceso
Gestio_genomes
Mumunix
Rename
IMPLEMENTACIÓN
Pre-proceso
Gestio_genomes
Mumunix
Rename
Lanza_mums
IMPLEMENTACIÓN
Pre-proceso
Gestio_genomes
Mumunix
Rename
Lanza_mums
FILOMUMS
IMPLEMENTACIÓN
Trabajo realizado
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
ESPECIFICACIONES TÉCNICAS
Entorno de desarrollo
Sistemas operativos: Windows,
Linux
Herramientas de desarrollo
C++ (gcc)
ActionScript 2 (Flash)
Java (Eclipse)
PHP
Javascript
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
DEMO
Host: PC Local:
DEMO Off-line
Host: revolutionresearch.uab.es
DEMO On-line
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
CONCLUSIONES
• Cumplimiento de todos los objetivos.
• Abierto a nuevas funcionalidades para el
futuro.
• Descubrimiento del mundo de la biología
molecular y de la bioinformática.
• Participación en un proyecto puntero en
investigación.
Introducción
Estado del arte
Objetivos
Implementación
 Pre-proceso
 Trabajo realizado
Especificaciones técnicas
Demo
Conclusiones
Futuros desarrollos
FUTUROS DESARROLLOS
• Ubicación de genes dentro del genoma
• Acceso a bases de datos del NCBI
• Seguimiento de MUMs comunes a varios
genomas
• Localización de genes mediante un buscador
BIOINFORMÁTICA:
INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB
Oscar Castro García
Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009