Download la fenotipificación virtual

El Centro de Genomas Compartiendo Información - N°13
LA FENOTIPIFICACIÓN VIRTUAL
LA FENOTIPIFICACIÓN VIRTUAL
NEURAL NETWORKS
La Fenotipificación Virtual fue
desarrollada
por
la
empresa
Multinacional
VIRCO
y
está
disponible en Brasil a través del
Centro de Genomas.
Se trata de una herramienta de gran
utilidad para la detección y
caracterización de la resistencia del
Virus VIH a los antiretrovirales,
principalmente para pacientes muy
experimentados, que ya pasaron
por variadas terapias de rescate, en
estos pacientes la característica
"cualitativa" de las pruebas de
genotipificación pueden no ser
suficientes para encontrar el mejor
esquema
antirretroviral
de
tratamiento. La posibilidad de
cuantificación de la pérdida de
susceptibilidad
a
las
drogas,
ofrecida por la Fenotipificación
Virtual, permite una elección más
racional
y
adecuada
de
medicamentos.
La empresa Virco construyó una
Base de Datos con más de 45.000
muestras
de
pacientes
con
resultados
pareados
de
fenotipificación
convencional
y
genotipificación.
Para que se produzca un resultado
de fenotipificación virtual, las
muestras
de
genotipificación
encaminadas a esta base de datos
es
sometido
a
un
análisis
estadístico conocido como "neural
networks". Por lo tanto, cuando un
resultado de una genotipificación de
cualquier paciente es sometido a
este sistema, la base de datos
identifica
los
resultados
de
genotipificación con el perfil más
parecido de la secuencia de
nucleótidos presentes en esta base
de datos. Así como, cada secuencia
de nucleótidos de la genotipificación
de la base de datos posee un
resultado
de
fenotipificación
correspondiente, obtendremos el
resultado de la Fenotipificación del
paciente
a
partir
da
su
Genotipificación.
* Virus del VIH
FENOTIPIFICACIÓN VIRTUAL Y
FENOTIPIFICACIÓN
CONVENCIONAL
Estudios prospectivos comparando
el desempeño de las pruebas de
fenotipificación convencional con
pruebas de fenotipificación virtual,
demuestran la superioridad del
segundo procedimiento (Perez-Elias
et al, 2003, Mazzottaet, 2003).
Como la fenotipificación virtual
también es una prueba de
genotipificación,
mezclas
poblacionales virales presentes en
un
determinado
codón
son
relatadas.
Como
ejemplo,
la
constatación
de
la
mutación
M184M/V, prueba la existencia de la
mezcla de poblaciones virales del
tipo
salvaje,
presentando
la
metionina en la posición 184 de la
transcriptasa inversa con población
viral mutante, que presenta la valina
en esta posición llevando a la
resistencia.
Para
la
realización
de
la
fenotipificación convencional, es
realizado un cultivo a partir de la
muestra del paciente. En las
mezclas conteniendo virus del tipo
salvaje (sensibles a las drogas) y
virus resistentes, los primeros
tienden a predominar sobre los
resistentes en las metodologías de
cultivo viral. Esto porque el virus con
mutaciones de resistencia presenta
una menor capacidad adaptativa
(fitness) que el virus sensible a los
remedios.
El Centro de Genomas Compartiendo Información-Nº13
De esta manera, en el ejemplo citado, solamente el virus con la metionina en la posición 184 seria detectado en cultivo,
subestimando la resistencia del paciente. La fenotipificación virtual considera en este caso que existe la resistencia, ofreciendo
un resultado más fidedigno.
Otra gran ventaja de la fenotipificación virtual en comparación con la convencional se refiere a costos y plazos de entrega,
siendo la fenotipificación virtual mucho más accesible y rápida que la convencional.
GRÁFICO COMPARATIVO:
Caída de carga viral durante el período de 48 semanas, donde pacientes con falla virológica fueron divididos aleatoriamente
para terapia de rescate basada en fenotipificación (diamante) y fenotipificación virtual (cuadrado) [Perez-Elias 2003]. La caída
de la carga viral está representada en log10 y se observa ventaja a la fenotipificación virtual en la semana 48 (p=0.03).
¿QUÉ ES NECESARIO PARA LA REALIZACIÓN DE LA FENOTIPIFICACIÓN VIRTUAL?
Para realizar este examen es necesaria la secuencia del virus, obtenida a través de una genotipificación. La genotipificación
debe haber sido realizada hasta 6 meses, como máximo, en caso contrario, deberá realizarse un nuevo examen de
genotipificación.
www.centrodegenomas.com.br- R. Leandro Dupré, 967 - VI. Clementino - S.Paulo/SP - Tel. 11 5581-9593 - Fax: 11 5585-9242
Edición: Andrea Curty- Producción: Aldeia Brasil