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Actividades bacterianas codificadas por plásmidos. Sara Alonso Louro (apartados 1, 2, 3, 5.4, 5.5) Diego Fernández Fdez. (apartados 4, 5.1, 5.2, 5.3, 6) 1 1. ¿Qué es un plásmido y cuál es su función en la célula procariota? En general se trata de elementos de ADN bicatenario y circular (aunque existen plásmidos con ADN lineal), que se replican independientemente del cromosoma bacteriano (figura 1). Se encuentran en el citoplasma y su tamaño oscila entre una y mil kb. Estas estructuras bacterianas se pueden confundir con bacteriófagos (por ejemplo el P1), dado que ambas entidades genéticas se replican de forma análoga. Una diferencia importante es que los plásmidos no tienen una forma extracelular como ocurre en los fagos. Los plásmidos proporcionan características extras que aumentan la flexibilidad de respuesta del organismo ante cambios en el medio, que podrían ser negativos (presencia de antibióticos) o potencialmente favorables (disponibilidad de un sustrato). Los plásmidos llevan genes que aseguran su replicación, además algunos contienen los genes necesarios para llevar a cabo la conjugación bacteriana. Hay plásmidos de los que no se conoce la naturaleza de sus genes, son los llamados plásmidos crípticos, que fueron descubiertos mediante la técnica de electroforesis en gel. Figura 1 Un único plásmido puede llevar varios genes diferentes y por tanto puede conferir varios fenotipos; por ejemplo en el género Rhizobium son los responsables de su interacción con las plantas, y en Pseudomonas transfieren la información necesaria para rutas bioquímicas que degradan compuestos orgánicos como alcanfor, octano y naftaleno. 2. Propiedades moleculares de los plásmidos Los plásmidos generalmente son moléculas de ADN formando una estructura superenrollada que en muchos casos tienen un pequeño tamaño, aunque existen plásmidos (e.g. en Pseudomonas) que pueden llegar a algunos cientos de kb. 3. Replicación y control de plásmidos La replicación es clave en el control de un importante número de propiedades del plásmido como son el rango de hospedadores, el número de copias, la incompatibilidad y la movilidad. La mayoría de las enzimas implicadas en la replicación de los plásmidos son enzimas celulares. Los genes del plásmido que controlan su propia replicación actúan en el proceso de iniciación y en el reparto de los plásmidos replicados entre las células hijas. Los diferentes plásmidos están presentes en las células en un número 2 particular de moléculas plasmídicas por célula, lo que se denomina número de copias. Este número es variable, de modo que en algunas células podemos encontrar de una a tres copias y en otras el plásmido puede estar presente en más de cien. En la mayoría de las bacterias gram negativas los plásmidos se replican de modo similar a como ocurre en el cromosoma. Esta replicación comienza en un punto fijo llamado OriV y puede ocurrir en una sola dirección (figura 2 A) o en ambas direcciones (figura 2 B) de forma simultánea (formando la llamada estructura θ) hasta completar el círculo completo. El proceso completo ocurre muy rápido debido al pequeño tamaño del plásmido en comparación con el cromosoma. Las bacterias gram positivas se replican mediante el mecanismo del círculo rodante (figura 2 C). Éste consiste en la creación de un intermediario monocatenario (razón por la cual en ocasiones a estos plásmidos se les llama plásmidos con ADN monocatenario). Los plásmidos lineales estudiados se replican mediante la unión de una proteína al extremo 5’ de cada cadena que se usa para iniciar la síntesis de ADN. Como en algunas células pueden coexistir diferentes tipos de plásmidos la replicación en la misma célula está controlada por genes plasmídicos específicos. Cuando un plásmido se transfiere a una célula que contiene otro plásmido y el segundo plásmido no se mantiene y se pierde durante la replicación celular subsiguiente, se dice que ambos plásmidos son incompatibles. En base a este se criterio se hace una posible una clasificación de los diferentes plásmidos en grupos de incompatibilidad; de manera que algunos plásmidos de un mismo grupo se excluyen entre sí pero son capaces de coexistir con plásmidos de otros grupos. Figura 2 3 Algunos plásmidos se pueden integrar en el cromosoma por lo que se pasan a denominar episomas, y por tanto su replicación depende por completo de la del cromosoma bacteriano. 4. Transferencia de plásmidos entre células Debido a que algunas células procariotas pueden tomar ADN del ambiente (transformación), si se produce su lisis se puede poner el plásmido en contacto con otro nuevo hospedador, aunque esto solamente ocurre en algunas bacterias. El principal mecanismo de transferencia es la conjugación, que es una función codificada por algunos plásmidos. Se trata de un proceso replicativo que deja en ambas células implicadas una copia del plásmido. Los plásmidos que dirigen su propia transferencia se denominan conjugativos, esto está controlado por unos genes plasmídicos que constituyen la región tra. Esta región puede provocar consecuencias importantes si el plásmido se integra en el cromosoma, cuando es así el plásmido puede movilizar la transferencia del ADN cromosómico de una célula a otra. Este tipo de plásmidos configuran un tipo de cepa celular denominado Hfr (High frequency Figura 3 recombination) por la alta frecuencia de recombinación que hay entre el cromosoma de la cepa Hfr y el cromosoma de la bacteria receptora a causa de los más abundantes puntos de homología. Muchos de los genes de la región tra están relacionados con la síntesis del pelo sexual (pili), una estructura física que pone en contacto a las dos células que van a conjugar. El plásmido F codifica la producción de estos pelos sexuales; puede transferirse de una célula donadora, llamada F+, a una célula receptora que será F-. La transferencia del ADN plasmídico bajo condiciones apropiadas es muy eficiente. Cuando los genes del plásmido se expresan en el receptor, éste pasa a ser donador; de este modo los plásmidos conjugativos se extienden rápidamente. Este fenómeno tiene gran importancia en la naturaleza infecciosa de las bacterias dado que permite una rápida distribución de la resistencia a diferentes drogas. El plásmido F no sólo puede ser conjugativo, también puede funcionar como epitoma (cepa Hfr), provocando que la conjugación implique la transferencia de amplias regiones del cromosoma del hospedador y la recombinación genética entre el cromosoma donador y receptor. (Figura 3) 4 5. Características bacterianas determinadas por plásmidos 1) Resistencia a antibióticos Muchas bacterias pueden adquirir resistencia a determinados antibióticos por la incorporación de un plásmido en su citoplasma (aunque la resistencia a ciertas drogas puede producirse en algunos casos por mutación genética). Estos genes son muy variados y codifican desde enzimas como la β-lactamasa, la cual destruye penicilina, hasta membranas proteicas que reducen la acumulación intracelular de tetraciclina. Los transposones (elementos transponibles) juegan un papel importante en la resistencia a antibióticos al promover el movimiento de genes que confieren esta resistencia entre diferentes plásmidos o desde el cromosoma a un plásmido. La figura 4 muestra el mapa genético de un plásmido R de resistencia. Figura 4 2) Colicinas y bacteriocinas Muchas bacterias producen proteínas que tienen una acción antimicrobiana, normalmente contra un grupo determinado de organismos. Un grupo de proteínas producidas por una cepa de Escherichia coli, es capaz de matar a otra cepa de su misma especie, son las llamadas colicinas y la cepa que las produce se denomina colicigénica. El gen de la producción de colicina se encuentra en el plásmido Col, acompañado de un segundo gen que confiere inmunidad a la acción de la colicina; de este modo la célula portadora se protege contra la acción de esta proteína. Estos plásmidos pueden ser 5 conjugativos o no. Las colicinas matan a las células alterando alguna función celular crítica. Muchas de estas proteínas forman canales en la membrana celular provocando la salida de iones potasio y de protones, provocando que la célula pierda su capacidad de obtener energía. En cambio la colicina E2 es capaz de cortar el ADN. En la figura 5 se muestra el mapa genético de un plásmido Col de E. coli Las bacteriocinas se encuentran en gram positivas. Algunas tienen un valor comercial, como ocurre con la bacteriocina Nisina A, que inhibe el crecimiento de un amplio rango de bacterias gram positivas y por ello se usa como conservante en la industria alimentaria. Figura 5 3) Toxinas y otros determinantes de virulencia Algunas toxinas pueden ser transmitidas por fagos, pero algunos genes que codifican toxinas se encuentran en los plásmidos. Las características que definen la virulencia, son la capacidad de los microorganismos para colonizar sitios específicos del hospedador y la formación de sustancias que causan daño a éste. Cepas enteropatogénicas de E. coli son capaces de colonizar el intestino delgado y producir la toxina que causa la diarrea. Esto es posible gracias a la presencia de una proteína de superficie llamada factor antigénico de colonización (CFA), que está codificada por un plásmido. La gran epidemia europea de la edad media, la peste, producida por la especie Yersinia pestis tiene su culpable en los genes plasmídicos que codifican su capacidad virulenta. Secreta unas proteínas en su cubierta y el antígeno V que le permiten a Yersinia p. superar las barreras defensivas del hospedador. Especies bacterianas Enfermedad Genes virulentos Localización Corynebacterium diphtheriae Difteria Toxina Fago Streptococcus Escarlatina Toxina Fago 6 pyogenes Vibrio cholerae Cólera Toxina Fago Shigella spp. Disentería Invasión/adhesión Plásmido Yersinia enterocolitica Gastroenteritis YOPS (proteínas de membrana externas) Plásmido Clostridium botulinum Botulismo Toxina Fago Clostridium tetani Tétanos Toxina Plásmido Escherichia coli Gastroenteritis Enterotoxina Plásmido Escherichia coli Gastroenteritis Adhesión Plásmido Tabla que muestra una relación entre diferentes enfermedades que tienen como agente causal un plásmido o fago. 4) Plásmidos relacionados en asociaciones planta-bacteria Un modo diferente de patogeneidad son por ejemplo los tumores que causa Agrobacterium tumefaciens en algunas plantas. Los Figura 6 genes que codifican esta característica se encuentran en un plásmido llamado Ti. Su efecto se debe a que una parte específica del plásmido se introduce en la célula de la planta. Este fenómeno tiene gran importancia en la manipulación genética de las células de esta especie de planta. Otro caso se refiere a los miembros pertenecientes al género Rhizobium, aunque estos definen una relación de simbiosis. Esta bacteria forma nódulos en la raíz de las leguminosas (figura 6) y proporciona nitrógeno a la planta y evitando que la planta tenga que recurrir a nitrógeno reducido en el medio. Este proceso tiene gran importancia en la ecología y agricultura. Estos genes para tratar el nitrógeno son proporcionados por plásmidos. 5) Actividades metabólicas. Algunos plásmidos poseen genes que codifican actividades metabólicas, tales como la fermentación de lactosa, de este modo introduciendo en una cepa que no fermenta 7 lactosa un plásmido con estos genes se posibilita la capacidad de producirla. Otras actividades que se pueden encontrar en estos plásmidos son la hidrólisis de urea y la producción de H2S. Biodegradación. Otros plásmidos con actividad metabólica tienen la capacidad de degradar toxinas. El plásmido pWWO encontrado en Pseudomonas putida incluye el genoma para la codificación de una serie de enzimas que convierten el ciclo de los hidrocarburos tolueno y xileno en benzoato; y un operón que degrada el benzoato produciendo energía. De este modo este organismo puede crecer usando tolueno como fuente de carbono. Otra característica es la capacidad para degradar elementos químicos que se encuentran el medio, permitiendo a estos organismos sobrevivir en ambientes con iones metálicos tóxicos, como el mercurio. Figura 7 Esquema que resume el mecanismo y las diferentes aplicaciones de los plásmidos a nivel industrial, médico y ecológico. 6. Proceso de curación. Los plásmidos se pueden eliminar de las células hospedadoras por diversos tratamientos, lo que permite crear cepas bacterianas no virulentas y cepas que no posean plásmidos de resistencia. El método consiste en inhibir la replicación del plásmido pero no la del cromosoma. La curación puede ocurrir de forma espontánea, pero se puede incrementar con el uso de colorantes de acridina que se insertan en el ADN. El método de electroporación también puede utilizarse con estos fines. 8 Referencias bibliográficas. Alberts B, Jonson A, Lewis J, Martin R, Roberts K, Walter P (2003). Biología molecular de la célula. 4ª edición. Ed. Omega Dale JW, Park SF. (2004). Molecular genetics of bacteria. 4ª edición. Ed. Wiley Del Solar, Gloria y Espinosa, Manuel. Plásmidos. De interés general. Revista Investigación y Ciencia: 212 - MAYO 1994 Díaz Orejas, Ramón y Espinosa, Manuel. Elementos extracromosómicos. Así comienzan a replicarse. Revista Investigación y Ciencia: 273 - JUNIO 1999 Giraldo Suárez, R. 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