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TITULACIÓN: Máster Universitario en Biotecnología y Biomedicina CURSO ACADÉMICO: 2010-2011 GUÍA DOCENTE 1. DATOS BÁSICOS DE LA ASIGNATURA NOMBRE: Microscopía avanzada y análisis de imagen CÓDIGO1: 90030006 CURSO ACADÉMICO: 2010-11 TIPO: Presencial Créditos ECTS: 4 FECHAS IMPARTICIÓN2: Semana 24 a 28 enero: 4 sesiones de 2h de teoría (total 8h) Semana 31 enero al 4 febrero: 4 sesiones de 2h teoría (total 8h) Semana del 7 al 11 febrero: 4 sesiones de 4h de laboratorio (total 16h) Semana de 14 al 18 febrero: 4 sesiones de 2h (2 de laboratorio y 2 seminarios de exposición de trabajos), (total 8h) Horas totales presenciales: 40 2 Indíquese las fechas y número de horas semanales dedicadas a cada actividad, trabajo autónomo y evaluación. Especifíquese cuáles son estas actividades (clases expositivas, seminarios, laboratorios, prácticas, trabajo en grupo, tutorías colectivas, etc.) de acuerdo a lo expuesto en el apartado 6 de esta ficha “Metodología y Actividades”. 2. DATOS BÁSICOS DEL PROFESORADO NOMBRE: Juan Ángel Pedrosa Raya CENTRO/DEPARTAMENTO: Dpto. Biología Experimental INSTITUCIÓN: Universidad de Jaén ÁREA: Biología Celular Nº DESPACHO: B3-341 E-MAIL: jpedrosa@ujaen.es URL WEB: NOMBRE: Raquel Hernández Cobo CENTRO/DEPARTAMENTO: Dpto. Biología Experimental INSTITUCIÓN: Universidad de Jaén ÁREA: Biología Celular Nº DESPACHO: B3-303 E-MAIL: rhernand@ujaen.es URL WEB: http://www4.ujaen.es/~rhernand/ NOMBRE: Mª Isabel Torres López CENTRO/DEPARTAMENTO: Dpto. Biología Experimental INSTITUCIÓN: Universidad de Jaén ÁREA: Biología Celular Nº DESPACHO:B3-361 E-MAIL: mitorres@ujaen.es URL WEB: TLF:953212155 TLF: 953212763 TLF: 953212762 NOMBRE: Jorge Nicolás Domínguez Macías CENTRO/DEPARTAMENTO: Depto. Biología Experimental INSTITUCIÓN: Universidad de Jaén ÁREA: Biología Celular Nº DESPACHO: B3-304 E-MAIL: jorgendm@ujaen.es URL WEB: NOMBRE: José Rodrigo García CENTRO/DEPARTAMENTO: Instituto Cajal INSTITUCIÓN: Consejo Superior de Investigaciones Científicas ÁREA: Nº DESPACHO: E-MAIL: rodmart@cajal.csic.es URL WEB: TLF: 953213361 TLF: 915654714 3. PRERREQUISITOS, CONTEXTO Y RECOMENDACIONES PRERREQUISITOS: Ninguno CONTEXTO DENTRO DE LA TITULACIÓN: La asignatura está encuadrada dentro del módulo “Técnicas de Biología Molecular y Celular” y sus contenidos, referentes al conocimiento del manejo y tipos de microscopios, así como a la gestión y trabajo con imágenes digitalizadas son herramientas de uso habitual en una gran mayoría de líneas de investigación biomédica. RECOMENDACIONES Y ADAPTACIONES CURRICULARES: 4. COMPETENCIAS Y RESULTADOS DE APRENDIZAJE Código CG1 CG2 CG3 CG4 CE12 Denominación de la competencia Diseñar y planificar experimentos de investigación. Ejecutar dichos experimentos así como interpretar los resultados. Diseñar estrategias experimentales alternativas. Manejo de bibliografía y documentación científica en inglés Conocer los fundamentos y el manejo de las diferentes opciones en microscopía avanzada y técnicas de preparación histológica Resultados de aprendizaje Resultado 1 Resultado 2 Resultado 3 El alumno sabrá utilizar todos los tipos de microscopios así como realizar la preparación previa de las muestras biológicas Resultado n 5. CONTENIDOS Conocer los fundamentos y manejo de los distintos tipos de microscopios y su aplicación en los diferentes campos de la investigación, así como los métodos más usuales de captura y tratamiento de las imágenes obtenidas. Bloques temáticos: 1. El microscopio óptico biológico. Componentes ópticos y mecánicos. 2. Otros tipos de microscopios ópticos, elementos que los integran, manejo y aplicaciones de los mismos 3. Microscopios electrónicos: bases de su funcionamiento y componentes. 4. Métodos de preparación de muestras con destino a los diferentes tipos de microscopios electrónicos. 5. Técnicas especializadas en detección y análisis aplicadas a la microscopía. 6. Sistemas de captura de imágenes en microscopía óptica y electrónica 7. Tratamiento y gestión de las imágenes digitales. 8. Fundamentos del análisis de imagen y manejo de aplicaciones informáticas al efecto 9. Técnicas de reconstrucción fotográfica en microscopía óptica, tanto en 2D como en 3D. 6. METODOLOGÍA Y ACTIVIDADES ACTIVIDADES HORAS PRESENCIALES HORAS DE TOTAL CRÉDITOS COMPETENCIAS TRABAJO DE ECTS (Códigos) AUTÓNOMO HORAS Clases expositivas en gran grupo: Actividades introductorias Sesión magistral Conferencias Clases en grupos de prácticas: Prácticas Laboratorios Seminarios Debates Resolución ejercicios Presentaciones y exposiciones Tutorías colectivas e 10 15 25 1 CE12 24 36 60 2.4 CE12, CG4, CG6 6 9 15 0.6 CE12, CG4, individuales: Supervisión de trabajos dirigidos Seminarios Debates Aclaración de dudas Comentarios de trabajos individuales Presentaciones y exposiciones TOTALES: CG6 40 60 100 4 7. SISTEMA DE EVALUACIÓN ASPECTO CRITERIOS -Participación activa en la clase. Asistencia y -Participación en los debates participación -Participación en el trabajo grupal -Entrega de los casos-problemas bien resueltos. -En cada trabajo se analizará: Realización de trabajos - Estructura del trabajo o casos - Calidad de la documentación - Originalidad -Ortografía y presentación INSTRUMENTO PESO Observación y notas del profesor 50% 2 Trabajos (1 individual; 1 en grupo) 50% El sistema de calificación se regirá por lo establecido en el RD 1125/2003 de 5 de septiembre por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en las titulaciones universitarias de carácter oficial. 8. DOCUMENTACIÓN/BIBLIOGRAFÍA ESPECÍFICA o BÁSICA: Fundamentos de microscopía y tipos de microscopios HERMAN B, LEMASTER JJ. (1992). Optical microscopy. Emerging methods and applications, Academic Press Inc. LOCQUIN M, LANGERON M. (1985) Manual de microscopía, Ed. Labor MONTUENGA L., ESTEBAN F. y CALVO A. (2009). Técnicas en histología y biología celular. Ed. Elsevier Masson. Barcelona SAMAR ME, ÁVILA R, ESTEBAN FJ. (2000) Técnicas Histológicas: fundamentos y aplicaciones. SeisC, Córdoba (Argentina). MICROSCOPY AND ANALYSIS, Wiley, Edición Europea. Revista mensual gratuita sobre microscopía en general. Suscripciones a través de la página: www.microscopyanalysis.com Molecular Expressions Primer_ Introduction to Microscopy http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/tem/tem.html http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/phase/index.html http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/fluorescence/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/confocal/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/phasecontrast/phasemicroscope/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/fluorescence/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/combination/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/dic/lightpaths/index.html http://www.microscopyu.com/tutorials/java/phasecontrast/opticaltrain/index.html http://www.microscopyu.com/tutorials/java/phasedicmorph/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/confocal/index.html http://www.olympusconfocal.com/java/confocalvswidefield/index.html http://www.olympusconfocal.com/java/confocalsimulator/index.html Microscopios electrónicos: bases de su funcionamiento y componentes BOZZOLA JJ, RUSSELL LD. (1992). Electron Microscopy: Principles and Techniques for Biologists. Jones and Bartlett Publishers, Boston. HAYAT MA. (2000). Principles and techniques of electron microscopy. Biological applications. Cambridge University Press. MARTI O, AMREIM M. (1993). STM and SFM in biology. Academic Press Inc. MERCER EH, BIRBECK MSC. (1974). Manual de microscopía electrónica para biólogos. Ed. Blume. Madrid. OJEDA JL. (1997). Métodos de microscopía electrónica de barrido en biología. Universidad de Cantabria. RENAU J, MEGÍAS L. (1998). Manual de técnicas de microscopía electrónica (M.E.T.), Universidad de Granada. Scanning Electron Microscopy The Transmission Electron Microscope What are Electron Microscopes_ http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/electronmicroscopy/magnify1/index.html Técnicas especializadas en detección y análisis aplicadas a la microscopía JUAN J. (1998). Técnicas Instrumentales en Biología Celular. Ed. Club Universitario. S Vicente. MONTUENGA L., ESTEBAN F. y CALVO A. (2009). Técnicas en histología y biología celular. Ed. Elsevier Masson. Barcelona PEINADO MA, PEDROSA JA, RODRIGO J.(1996), Avances en inmunocitoquímica y técnicas relacionadas, Universidad de Jaén. SAMAR ME, ÁVILA R, ESTEBAN FJ. (2000) Técnicas Histológicas: fundamentos y aplicaciones. SeisC, Córdoba (Argentina). Laboratory Protocols - University of Bristol, Veterinary Pathology. Tratamiento y gestión de las imágenes digitales PERTUSA JF. (2003) Técnicas de análisis de imagen: aplicaciones en biología. Publicacions de la Universitat de València, Valencia GLASBEY C.A. y HORGAN G.W. (1995). Image Analysis for the Biological Sciences. John Wiley and Sons, Chichester, UK SAMAR ME, ÁVILA R, ESTEBAN FJ. (2000) Técnicas Histológicas: fundamentos y aplicaciones. SeisC, Córdoba (Argentina). MONTUENGA L., ESTEBAN F. y CALVO A. (2009). Técnicas en histología y biología celular. Ed. Elsevier Masson. Barcelona Scion Corporation Servicio de Proceso de Imágenes SYNCROSCOPY - Digital 3D Microscopy Técnicas de Imágenes en Biología - Presentación Tutorial de Digitalización de Imágenes - Contenido http://rsbweb.nih.gov/ij/ http://rsbweb.nih.gov/ij/links.html GENERAL y COMPLEMENTARIA : BOZZOLA JJ, RUSSELL LD. (1992). Electron Microscopy: Principles and Techniques for Biologists. Jones and Bartlett Publishers, Boston. GLASBEY C.A. y HORGAN G.W. (1995). Image Analysis for the Biological Sciences. John Wiley and Sons, Chichester, UK HAYAT MA. (2000). Principles and techniques of electron microscopy. Biological applications. Cambridge University Press. HERMAN B, LEMASTER JJ. (1992). Optical microscopy. Emerging methods and applications, Academic Press Inc. JUAN J. (1998). Técnicas Instrumentales en Biología Celular. Ed. Club Universitario. S Vicente. LOCQUIN M, LANGERON M. (1985) Manual de microscopía, Ed. Labor MARTI O, AMREIM M. (1993). STM and SFM in biology. Academic Press Inc. MERCER EH, BIRBECK MSC. (1974). Manual de microscopía electrónica para biólogos. Ed. Blume. Madrid. MONTUENGA L., ESTEBAN F. y CALVO A. (2009). Técnicas en histología y biología celular. Ed. Elsevier Masson. Barcelona OJEDA JL. (1997). Métodos de microscopía electrónica de barrido en biología. Universidad de Cantabria. PEINADO MA, PEDROSA JA, RODRIGO J.(1996), Avances en inmunocitoquímica y técnicas relacionadas, Universidad de Jaén. PERTUSA JF. (2003) Técnicas de análisis de imagen: aplicaciones en biología. Publicacions de la Universitat de València, Valencia RENAU J, MEGÍAS L. (1998). Manual de técnicas de microscopía electrónica (M.E.T.), Universidad de Granada. SAMAR ME, ÁVILA R, ESTEBAN FJ. (2000) Técnicas Histológicas: fundamentos y aplicaciones. SeisC, Córdoba (Argentina). MICROSCOPY AND ANALYSIS, Wiley, Edición Europea. Revista mensual gratuita sobre microscopía en general. Suscripciones a través de la página: www.microscopyanalysis.com PÁGINAS WEB RELACIONADAS MICROSCOPÍA A Web Atlas of Cellular Structures Confocal Confocal Microscopy by Leica Microsystems Heidelberg GmbH Dennis Kunkel Microscopy and Stock Photography Image Gallery http--www.udel.edu-Biology-Wags-b617-b617.htm Laboratory Protocols - University of Bristol, Veterinary Pathology. Microscopes Molecular Expressions Primer_ Introduction to Microscopy NCMIR Nikon MicroscopyU Scanning Electron Microscopy Scion Corporation Servicio de Proceso de Imágenes SYNCROSCOPY - Digital 3D Microscopy Técnicas de Imágenes en Biología - Presentación The Transmission Electron Microscope Tutorial de Digitalización de Imágenes - Contenido Virtual Microscope Demo Page What are Electron Microscopes_ TUTORIALES SOBRE MANEJO DE MICROSCOPIOS http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/tem/tem.html http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/phase/index.html http://nobelprize.org/educational_games/physics/microscopes/fluorescence/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/electronmicroscopy/magnify1/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/confocal/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/phasecontrast/phasemicroscope/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/fluorescence/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/combination/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/java/dic/lightpaths/index.html http://www.microscopyu.com/tutorials/java/phasecontrast/opticaltrain/index.html http://www.microscopyu.com/tutorials/java/phasedicmorph/index.html http://micro.magnet.fsu.edu/primer/virtual/confocal/index.html http://www.olympusconfocal.com/java/confocalvswidefield/index.html http://www.olympusconfocal.com/java/confocalsimulator/index.html ANÁLISIS DE IMAGEN http://rsbweb.nih.gov/ij/ http://rsbweb.nih.gov/ij/links.html