Download Evolución, diversidad y actividades microbianas
Document related concepts
Transcript
PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 PLAN DOCENTE DE LA ASIGNATURA Curso académico: 2012-13 Identificación y características de la asignatura Denominación Titulación/es Centro Semestre Módulo Materia Evolución, diversidad y actividades microbianas Biología Facultad de Ciencias Carácter Obligatorio 4º Biología Celular y Microbiología (Módulo 3) Microbiología Profesor/es Nombre Rosario Cueva Noval Antonia Ciudad Sánchez Área de conocimiento Departamento Profesor coordinador Despacho Correo-e rcuevas@unex.es aciudad@unex.es Microbiología Ciencias Biomédicas Rosario Cueva Noval Créditos ECTS Página web 6 PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Competencias COMPETENCIAS TRANSVERSALES: Utilizar y aplicar tecnología de información y comunicación (TIC) en el ámbito formativo y profesional (Competencia C2 del Título) Poseer y comprender la información de libros de texto avanzados y acceder a conocimientos procedentes de la vanguardia del campo de estudio del título. (Competencia C3 del Título) Desarrollar habilidades de aprendizaje, organización y planificación, necesarias tanto para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía, como para el desempeño profesional. (Competencia C4 del Título) Interpretar, analizar y sintetizar datos e información relevante que permitan al alumno desarrollar ideas, resolver problemas y emitir un razonamiento crítico sobre temas importantes de índole social, científica o ética. (Competencia C5 del Título) Transmitir de forma eficaz resultados y conclusiones a un público tanto especializado como no especializado. (Competencia C6 del Título) Expresarse correctamente de forma escrita y oral en la lengua nativa, así como dominar suficientemente un idioma extranjero, preferentemente el inglés. (Competencia C7 del Título) COMPETENCIAS ESPECÍFICAS: Conocer y comprender las bases moleculares del flujo de información y de los procesos metabólicos en los microorganismos (Relacionada con C11 del Título) Conocer las funciones de los microorganismos, su regulación e integración y analizar e interpretar las adaptaciones funcionales al medio (Relacionada con C13 del Título) Estudiar la interacción entre microorganismos y de estos con el medio (Relacionada con C14 del Título) Comprender el origen y evolución de la vida, identificando los procesos y mecanismos evolutivos e incluyendo la sistemática y filogénica de los microorganismos (Relacionada con C16 del Título) Obtener, identificar, analizar, caracterizar y manipular muestras biológicas. Tener la capacidad de realizar bioensayos y pruebas funcionales, analizando parámetros biológicos (Relacionada con C18 del Título) Analizar e interpretar la estructura y dinámica de poblaciones y comunidades, los flujos de energía y ciclos biogeoquímicos en los ecosistemas, así como las influencias que en estos ejercen las actividades microbianas (Relacionada con C19 del Título) PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Temas y contenidos Breve descripción del contenido Filogenia y taxonomía bacterianas. Diversidad microbiana: Bacteria, Archaea y Eukarya. Diversidad vírica. Ecología microbiana. Interacciones microbianas. Patogenicidad y agentes antimicrobianos. Aspectos aplicados de la microbiología. Temario de la asignatura Denominación del tema 1: Principios de taxonomía e identificación bacteriana Contenidos del tema 1: El concepto de especie. Problemas de clasificación de los microorganismos. Taxonomía numérica. Taxonomía molecular y genética: composición de bases del DNA, hibridación de ácidos nucleicos, Ribotipado, análisis de la composición de ácidos grasos, secuenciación de ácidos nucleicos, rRNA16S. Concepto de especie bacteriana. Especiación bacteriana. El Manual Bergey. Denominación del tema 2: Espiroquetas y Espirilos Contenidos del tema 2: Características generales de las espiroquetas: morfología, movilidad y hábitats. Géneros más representativos. Patogenicidad de Treponema, Leptospira y Borrelia. Espirilos. Géneros principales. Patogenicidad de Campylobacter y Helicobacter. Ciclo vegetativo de Bdellovibrio Denominación del tema 3: Cocos y bacilos aerobios Gram negativos Contenidos del tema 3: Pseudomonas y géneros relacionados. Bacterias aerobias fijadoras de N2 de vida libre. Familia Rhizobiaceae. Rhizobium; Agrobacterium. Bacterias metanotróficas. Bacterias del ácido acético. Familia Legionellaceae. Género Legionella: legionelosis. Familia Neisseraceae. Género Neisseria: gonorrea y meningitis meningocócica. Género Brucella: brucelosis. Género Bordetella: tosferina. Género Francisella: tularemia. Denominación del tema 4: Bacilos anaerobios facultativos Gram negativos Contenidos del tema 4: Familia Enterobacteriaceae. Nutrición y metabolismo fermentativo. Principales géneros. Escherichia; Infecciones producidas por Shigella y Salmonella; Proteus; Yersinia: peste bubónica; Enterobacter; Serratia; Klebsiella; Erwinia. Familia Vibrionaceae. Propiedades generales. Vibrio cholerae: cólera; Photobacterium. Bioluminiscencia. Familia Aeromonadaceae. Familia Pasteurellaceae. Géneros relacionados PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 de importancia médica o industrial: Zymomonas Denominación del tema 5: Bacterias anaerobias estrictas (tinción Gram negativa) Contenidos del tema 5: Bacterias fermentadoras: Veillonella y géneros relacionados; Familia Bacteroidaceae: patogenicidad oportunista del género Bacteroides; Fusobacterium; Succinivibrio. Bacterias reductoras de sulfato o azufre por vía desasimilatoria. Denominación del tema 6: Riquetsias y Clamidias Contenidos del tema 6: Caracteres generales y dispersión filogenética de las riquetsias. Géneros: Rickettsia , Bartonella, Ehrlichia, Wolbachia, Coxiella. Infecciones producidas por riquetsias. Phylum Chlamydia. Géneros: Chlamydia; Chlamydophila. Generalidades y especies patógenas. Denominación del tema 7: Phylum Firmicutes. Clase Mollicutes: Micoplasmas. Contenidos del tema 7: Familia Mycoplasmataceae Características e interés bioquímico y fisiológico. Enfermedades producidas por micoplasmas. Familia Spiroplasmataceae: micoplasmas fitopatógenos. Denominación del tema 8: Phylum Firmicutes. Bacterias no formadoras de endosporas tema 8: Género Staphylococcus. Propiedades patogénicas de Staphylococcus aureus. Género Sarcina. Género Listeria. Bacterias del ácido láctico : propiedades generales. Streptococcus : subgrupos, patogenicidad; Enterococcus; Lactococcus; Leuconostoc; Lactobacillus. Utilización de las bacterias ácido lácticas en la industria alimentaria. Contenidos del Denominación del tema 9: Phylum Firmicutes. Bacterias formadoras de endosporas Contenidos del tema 9: Propiedades generales y grupos del género Bacillus. Patogenicidad de algunas especies: carbunco. Género Sporosarcina. Propiedades generales del género Clostridium. Grupos fermentativos. Patogenicidad de algunas especies: tétanos, botulismo y gangrena gaseosa. Género Desulfotomaculum. Propiedades generales de las Heliobacterias Denominación del tema 10: Phylum Actinobacteria Contenidos del tema 10: Familia Micrococcaceae. Familia Corynebacteriaceae. PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Patogenicidad de Corynebacterium diphtheriae. Familia Propionibacteriaceae. Familia Mycobacteriaceae. Caracteres generales y patogenia del género Mycobacterium: tuberculosis y lepra. Actinobacterias filamentosas: Actinomyces; Frankia; Características generales e importancia industrial del género Streptomyces. Denominación del tema 11: Procariotas fotosintéticos Contenidos del tema 11: Bacterias fotosintéticas oxigénicas. Cianobacterias: características estructurales, fisiológicas y ecológicas. Proclorofitas. Bacterias fotosintéticas anoxigénicas. Bacterias púrpuras del azufre y no del azufre. Metabolismo. Géneros Chromatium y Rhodospirillum. Bacterias verdes del azufre y no del azufre. Géneros Chlorobium y Chloroflexus. Heliobacterias. Ecología de las bacterias fototróficas anoxigénicas. Denominación del tema 12: Bacterias quimiolitotrofas aerobias Gram negativas Contenidos del tema 12: Bacterias nitrificantes. Familia Nitrobacteriaceae. Bacterias incoloras que oxidan el azufre. Género Thiobacillus. Bacterias que oxidan el hierro. Familia Siderocapsaceae. Bacterias que oxidan el hidrógeno. Géneros Hydrogenobacter, Aquifex y Ralstonia. Bases bioquímicas de las diferentes modalidades de quimioautotrofía. Carboxidobacterias Denominación del tema 13: Otras bacterias Gram negativas Contenidos del tema 13: Phylum Deinococcus-Thermus. Bacterias deslizantes con o sin cuerpos fructíferos. Esfingobacterias: Cytophaga. Orden Thiotrichales: Beggiatoa, Thiothrix, Leucothrix, Thioploca, y Thiomargarita. Mixobacterias: características generales y ciclos de vida. Bacterias con vaina. Bacterias que geman y/o con apéndices. Características generales. Principales géneros; propiedades y hábitat. Denominación del tema 14: Dominio Archaea: Euryarchaeota Contenidos del tema 14: Visión filogenética de Archaea. Halófilos extremos. Arqueas metanogénicas. Thermoplasmatales. Euryarchaeota hipertermófilas. Denominación del tema 15: Dominio Archaea: Crenarchaeota Contenidos del tema 15: Hábitat y metabolismo energético. Hipertermófilas de hábitats volcánicos terrestres. Hipertermófilas de hábitats volcánicos submarinos. Crenarqueotas no termófilas. PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Denominación del tema 16: Dominio Eukarya Contenidos del tema 16: Filogenia de los microorganismos eucariotas. Supergrupo Excavata: Diplomonadas; Parabasálidos; Euglenozoos. Supergrupo Chromalveolata: Alveolados; Estramenópilos. Supergrupo Rhizaria: Clorarachniofitos; Foraminíferos; Radiolarios. Supergrupo Amebozoa: Gymnamoebas; Entamoebas; Hongos mucosos. Supergrupo Archaeplastida: Chloroplastida; Rodophyta. Supergrupo Opisthokonta: Microsporidios; Hongos: Quitridiomicetos, Zigomicetos, Glomeromicetos, Ascomicetos y Basidiomicetos. Denominación del tema 17: Diversidad viral: virus de bacterias y arqueas. Contenidos del tema 17: Bacteriofagos con RNA. Bacteriofagos con DNA monocatenario. Bacteriofagos con DNA bicatenario. Bacteriofagos lisogénicos: y Mu. Virus de arqueas. Denominación del tema 18: Diversidad viral: virus de eucariotas. Contenidos del tema 18: Virus con RNA. Virus con DNA. Virus que utilizan la transcriptasa inversa en su ciclo de multiplicación: retrovirus y hepadnavirus. Virus de células vegetales. Denominación del tema 19: Métodos de ecología microbiana. Contenidos del tema 19: Técnicas de análisis de las comunidades microbianas y de sus actividades en la naturaleza. Denominación del tema 20: Ecosistemas microbianos Contenidos del tema 20: Interacciones entre poblaciones microbianas. Biopelículas. Interacciones entre microrganismos y plantas (micorrizas). Interacciones entre microrganismos y animales (microbiología del rumen). Ecosistemas microbianos de agua dulce, terrestre, y marino. Denominación del tema 21: Ciclos de los nutrientes y biorremediación Contenidos del tema 21: Ciclos biogeoquímicos del carbono, nitrógeno, hierro y azufre. Biorremediación microbiana. Denominación del tema 22: Interacciones de los microrganismos con la especie humana Contenidos del tema 22: Interacciones beneficiosas. Microbiota del cuerpo humano, distribución y composición. Interacciones dañinas. Microorganismos y mecanismos de PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 patogénesis. Factores de virulencia de los microrganismos patógenos. Denominación del tema 23: Toxicidad microbiana Contenidos del tema 23: Diferencias entre exotoxinas y endotoxinas. Tipos de exotoxinas: toxinas citolíticas, toxinas A-B y superantígenos toxina. Mecanismo de entrada en la célula de las toxinas A-B. Mecanismo de acción de algunas toxinas A-B: toxina diftérica, enterotoxinas y neurotoxinas. Endotoxinas: naturaleza y mecanismo de acción. Denominación del tema 24: Evasión microbiana de la respuesta inmunitaria innata Contenidos del tema 24: Características generales y componentes de la inmunidad innata. Primera línea de defensa: piel y mucosas. Segunda línea de defensa: fagocitosis, inflamación, fiebre y sustancias antimicrobianas. Mecanismos microbianos para evadir la fagocitosis. Denominación del tema 25: Microorganismos y agentes antimicrobianos Contenidos del tema 25: Desarrollo de la quimioterapia. Efecto de las drogas sobre el crecimiento y la viabilidad. Cuantificación de la actividad antimicrobiana: antibiograma, ensayo de dilución en tubo y método E-test. Acción de análogos de factores de crecimiento. Agentes específicos: sulfamidas y agentes relacionados. Denominación del tema 26: Antibióticos, agentes quimioterapéuticos antivíricos y agentes quimioterapéuticos antifúngicos. Contenidos del tema 26: Antibióticos que interfieren en la síntesis de la pared celular. Antibióticos que interfieren en la síntesis de proteínas. Antibióticos que actúan a nivel de membrana y de la síntesis de lípidos. Antibióticos que interfieren en la síntesis de ácidos nucleicos. Mecanismo de acción y dianas de los compuestos quimioterapéuticos antivíricos y antifúngicos. Denominación del tema 27: Resistencia a los antibióticos Contenidos del tema 27: Mecanismos moleculares que confieren resistencia a drogas. Modificaciones del antibiótico, blanco y permeabilidad celular. Bases genéticas de la resistencia. Modificación génica. Resistencia extracromosomal. Papel de los transposones en la resistencia a antibióticos. Búsqueda de nuevos antimicrobianos. Denominación del tema 28: Microbiología del agua y de los alimentos Contenidos del tema 29: Eutrofización. Contaminación. Determinación de la calidad PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 bacteriológica del agua. Tratamiento y evacuación de las aguas residuales. Los microorganismos en los procesos de tratamiento. Flora microbiana de los alimentos frescos. Alteración microbiana de los alimentos. Análisis microbiológicos. Preservación de los alimentos. Alimentos fermentados. Microorganismos como alimentos. Denominación del tema 29: Utilización de los microorganismos por el hombre Contenidos del tema 30: Selección de microorganismos de interés industrial. Escalado de las fermentaciones industriales. Producción de antibióticos. Síntesis microbiológica de otros productos de interés farmacológico o comercial. Producción de vinagre. Producción de bebidas fermentadas: vino y cerveza. Práctica 1ª.- Antibiograma Práctica 2ª.- Microbiología del suelo Práctica 3ª.- Determinación de enterobacterias Práctica 4ª.- Flora de la nasofaringe Práctica 5ª.- Análisis microbiológico de leche cruda y leche pasteurizada PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Actividades formativas Horas de trabajo del alumno por tema Tema Total 1 5 2 3 3 6 4 3,5 5 1,5 6 1 7 1 8 4,5 9 3 10 3 11 4,5 12 3 13 3 14 6 15 4 16 8,5 17 6 18 12 19 3 20 3,5 21 3,5 22 3 23 4,5 24 1,5 25 1,5 26 6 27 1,5 28 4,5 29 3 P(laboratorio)-1 3 P(laboratorio)-2 3 P(laboratorio)-3 3 P(laboratorio)-4 3 P(laboratorio)-5 3 Evaluación 21 Total 150 Presencial GG 1 1 2 1,5 0,5 0,5 0,5 1,5 1 1 1,5 1 1 2 1 2,5 2 4 1 1,5 1,5 1 1,5 0,5 0,5 2 0,5 1,5 1 SL Actividad de seguimiento TP No presencial EP 4 2 4 2 1 0,5 0,5 3 2 2 3 2 2 4 3 6 4 8 2 2 2 2 3 1 1 4 1 3 2 3 3 3 3 3 2 40 15 19 95 GG: Grupo Grande (100 estudiantes). SL: Seminario/Laboratorio (prácticas clínicas hospitalarias = 7 estudiantes; prácticas laboratorio o campo = 15; prácticas sala ordenador o laboratorio de idiomas = 30, clases problemas o seminarios o casos prácticos = 40). TP: Tutorías Programadas (seguimiento docente, tipo tutorías ECTS). EP: Estudio personal, trabajos individuales o en grupo, y lectura de bibliografía. PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Sistemas de evaluación La Teoría constituye el 90% de la nota final y las prácticas el 10% El examen de la parte teórica de la asignatura constará a su vez de dos partes, cada una de las cuales constituirán el 50% de la calificación total: La primera parte serán preguntas tipo test, con una sola respuesta válida en cada caso. Cada dos respuestas erróneas se restará el valor de una acertada. La segunda parte consistirá en una serie temas a desarrollar, dónde se valorarán la claridad de conceptos, orden en la exposición y la capacidad de relación entre distintos aspectos de la materia. * Para poder aprobar se requiere alcanzar al menos un 4 sobre 10 en la parte correspondiente a cada profesor. Esta medida trata de evitar que el alumno centre su aprendizaje solamente en una parte de la materia, de modo que no queden lagunas en el temario que le impidan adquirir una visión global de toda la asignatura La evaluación de las clases prácticas incluye, por una parte, una evaluación continuada en la que el profesor irá valorando la participación en el desarrollo de las mismas. Posteriormente cada alumno elaborará un cuaderno de prácticas detallando el fundamento de cada práctica, su desarrollo y los resultados obtenidos. PROCEDIMIENTO DE COORDINACIÓN DE ENSEÑANZAS DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA UEx (PCOE) Asunto: Plan Docente Código: Evolución, Diversidad y PCOE_D002_BIO Actividades Fecha: Microbianas 11/07/12 Bibliografía y otros recursos Michael T. Madigan, John M. Martinko, Paul V. Dunlap, David P. Clark. 2009. “Brock. Biología de los Microorganismos” (12ª Edición) Pearson Educación SA. - Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood, Christopher J. Woolverton. 2009. “Microbiología de Prescott, Harley y Klein” (7ª Edición) McGraw-Hill Interamericana de España, S.A.U. - Tortora, Funke, Case. 2007. "Introducción a la Microbiología" (9ª Edición) Editorial Médica Panamericana. - Leonard C. Norkin. 2010. “Virology. Molecular Biology and Pathogenesis”. ASM Press. - Atlas RM, Bartha R. 2002. “Ecología microbiana y microbiología ambiental” (4ª edición) Addisson Wesley. - Schaechter, M., Ingraham, J.L., Neidhardt, F.C. 2006. Microbe. ASM Press Horario de tutorías Tutorías de libre acceso: lunes, martes y miércoles de 12,00 h a 14,00 h Lugar: despacho de las profesoras de la asignatura situado en la 2ª planta del Edificio de Biológicas. Recomendaciones - Asistencia regular a las clases Estudio continuado de los contenidos desarrollados en la asignatura Participación activa, tanto en las clases teóricas como en las prácticas Consulta de la bibliografía recomendada Asistencia a las tutorías de libre acceso