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Talleres para fortalecer habilidades académicas
Ejercicios para estudiantes de posgrado
Dr. Axel Tiessen
Laboratorio de Metabolómica y Fisiología Molecular
Departamento de Ingeniería Genética
Cinvestav Irapuato
Posgrado Biotecnología de Plantas
atiessen@ira.cinvestav.mx
http://www.ira.cinvestav.mx/DrAxelTiessen
Notas:
 Favor de leer todas las instrucciones.
 Siga los pasos secuencialmente y haga los ejercicios como se indican.
 Una habilidad que deben practicar los científicos es a seguir protocolos al pie de la
letra. Haga los ejercicios uno a uno y vaya presentándole sus avances al jefe del
laboratorio.
 No pase por alto los detalles, aunque le parezcan raras las tareas, tienen su razón de
ser, tanto en su contenido como en el orden en que se describen.
 Si tiene dudas, pregunte. Si no sabe, averigüe. No es malo no saber, sino carecer de
motivación para aprender. Lo peor es cuando desconocemos la magnitud de nuestra
ignorancia: no se que no se. Por eso es que Sócrates decía: solo se que no se nada.
 Se espera que los estudiantes de forma individual e independiente dediquen un
promedio de 2-10 horas para cada ejercicio.
 De la constancia y perseverancia dependerá una parte de su calificación semestral.
Obedecer las indicaciones subirá puntos. Haga las tareas para su propio beneficio.
 Si tiene dudas sobre estos ejercicios, pregunte. Venga a mi cubículo (la mejor hora
para platicar con calma es >5pm). También puede mandar un email:
atiessen@ira.cinvestav.mx
Índice
Talleres para fortalecer habilidades académicas .................................................................... 1
Ejercicio 1. Fuentes para revisar y obtener artículos científicos ........................................ 2
Ejercicio 2. Factor de impacto de las revistas .................................................................... 4
Ejercicio 3. Conteo de citas en los artículos científicos ..................................................... 5
Ejercicio 4. Tipos de títulos ................................................................................................ 7
Ejercicio 4. Cambie el tipo de título ¿para publicación o tesis? ......................................... 9
Ejercicio 5. Mini estructura de un abstract ......................................................................... 9
Ejercicio 6. Búsqueda de citas y su contexto ................................................................... 11
Ejercicio 7. Leyendas de figuras ...................................................................................... 12
Ejercicio 8. Evaluación de proyectos ............................................................................... 13
Ejercicio 9. Selección de frases clave para un tema de interés......................................... 14
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
1
Ejercicio 10. Errores frecuentes en la escritura de documentos científicos ..................... 16
Ejercicio 11. Escritura de un minireview sobre un tema de interés ................................. 24
Ejercicio 12. Escritura de métodos usando frases de cajón en ingles............................... 26
Ejercicio 8. Revisión de un artículo rechazado ................................................................ 26
Ejercicio 9. Carta de respuesta (cambios mayores) .......................................................... 28
Ejercicio 10. Cambios menores ....................................................................................... 37
Ejercicio 1. Fuentes para revisar y obtener artículos científicos
Los trabajos científicos de calidad se publican en revistas internacionales en inglés, que
aplican un estricto control de calidad por medio de la opinión de dos revisores expertos
independientes (peer review). Lo que se publica en esas revistas en inglés, cuenta. Lo que
se publica solo en español, o en revistas "patito" no cuenta.
Los congresos visitados y los pósters presentados tienen valor para los estudiantes en
formación, ya que ayudan a perder el miedo y aprender a transmitir las ideas. Como
estudiantes de doctorado es muy importante montar posters y dar charlas en congresos.
Pero mas avanzados en su carrera científica, lo que tiene impacto para obtener una plaza de
profesor son los artículos publicados en inglés en revistas internacionales indexadas.
¿Cómo aprendo a escribir artículos científicos en inglés? Para ello hay que leer con
detenimiento los que ya se han publicado. ¿Cómo obtengo esos artículos y filtro los
mejores?
Para buscar bibliografía se usan diferentes fuentes y bases de datos.
La principal que podemos usar dentro de Cinvestav es Web of Science (ISI web of
knowledge WOK). (entrar por el sitio web de la biblioteca de Cinvestav).
http://10.0.0.109/db
Otras bases de datos que podemos usar fuera de Cinvestav es PUBMED y GOOGLE
SCHOLAR. Estas herramientas de búsqueda no son tan completas como la web of science,
pero son gratis.
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
scholar.google.es
El objetivo de este ejercicio es reforzar las siguientes habilidades:
 Aprender a usar la Web of Science con el link de la biblioteca Cinvestav
 Conocer las principales revistas científicas del área de plantas
 Aprender que significa el orden de las autorías en los artículos
 descargar artículos en formato pdf
1)
Vea los siguientes videos online:
http://www.youtube.com/watch?v=jtvIouDfMuo&feature=youtu.be
http://www.youtube.com/watch?v=vq4tCtUgXLI
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http://www.youtube.com/watch?v=KfKIA2X5YBw
2)
Ingrese al sitio web de Cinvestav Irapuato. Vaya a "Centro de Información" (biblioteca).
Escoja la pestaña de "Bases de datos". Escoja ya sea a "Web Of Knowledge", o a "ISI Web
of Science".
Aprenda a usar la base de datos para buscar bibliografía. Haga una búsqueda de los
artículos publicados usando los keywords: starch and sucrose
Refine la búsqueda a los artículos que incluyan también los keywords: plant and
metabolism
Identifique las revistas ¿Qué journals son los más comunes? ¿Cuales son los autores más
frecuentes de esos topics/keywords? Fíjese en el último autor, que por lo regular es el jefe
del laboratorio. Por lo general, el último autor es el que más publicaciones tiene sobre un
tema en particular. El primer autor es el que contribuyó con más datos experimentales al
artículo. Por lo regular es el estudiante de doctorado o el posdoc que realizó casi todo el
trabajo. El segundo autor por lo regular también contribuye con datos experimentales
importantes. Los demás coautores de en medio muchas veces se incluyen por diversas
razones (dan dinero, aportan ideas, ayudan a escribir, proporcionan materiales, etc). El que
decide quien se incluye en un artículo y como se acomoda el orden de coautoría es el jefe
del laboratorio. El estudiante puede opinar, pero el que finalmente decide es el autor de
correspondencia (jefe de grupo que financió el proyecto).
3)
Usando la opción de búsqueda por autor, haga una búsqueda de los artículos publicados por
el jefe del laboratorio usando su apellido y la primera letra del nombre: Tiessen A.
Ahora apriete el botón de "create citation report". (boton arriba a la derecha)
Averigüe lo siguiente:
¿Qué importancia tiene el número total de artículos indexados?
¿Qué importancia tiene el número total de citas?
¿Como se calcula el índice H?
¿Cree que sea relevante los artículos o las citas para llegar a ser nivel 1, 2 o 3 del SNI?
Vea los siguientes videos para entender mejor el índice H:
http://www.youtube.com/watch?v=P47yAH8yz9U
http://www.youtube.com/watch?v=Qk3pN0qHa0k
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4)
Regrese a la biblioteca de www.ira.cinvestav.mx (sección de información). Escoja la
pestaña de "Texto completo". Busque la revista "Plant Cell" en la letra P.
De click para entrar al sitio web de Plant Cell. Busque y descargue el texto completo
(archivo pdf) del siguiente artículo:
Tiessen, A., Hendriks, J.H.M., Stitt, M., Branscheid, A., Gibon, Y., Farre, E.M., and
Geigenberger, P. (2002). Starch synthesis in potato tubers is regulated by posttranslational redox modification of ADP-glucose pyrophosphorylase: A novel
regulatory mechanism linking starch synthesis to the sucrose supply. Plant Cell 14,
2191-2213.
Lea el artículo completo. Averigüe cuantas citas tiene ese artículo. (mas adelante en los
ejercicios puede escogerlo como "artículo estrella")
Ejercicio 2. Factor de impacto de las revistas
No todas las revistas son iguales, ¿o si?
El objetivo de este ejercicio es reforzar las siguientes habilidades:
 recabar información de la Web of Science
 averiguar el factor de impacto de las revistas indexadas.
 aprender a calcular el factor de impacto
Métase a Web of Science e ingrese a la pestaña de bases de datos (select a database). Escoja
journal of citation reports (JCR).
Haga una búsqueda de todas las revistas de las siguientes áreas "plant sciences", "genetics",
"food and agriculture". Ordénelas por factor de impacto.
Averigüe el factor de impacto de las siguientes revistas: Plant Cell, Plant Physiology, Plant
Journal o Journal of Experimental Botany, New Phytologist, Planta, Plant Molecular
Biology, Journal of plant physiology, Physiologia Plantarum, Plant Cell and Environment,
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Current Opinion in plant biology, Annual Review in Plant Biology, Trends in Plant
Sciences, etc.
¿En que revista le gustaría publicar los resultados de su investigación? Lea los artículos que
se publican en esa revista. Vea como están escritos y aprenda a redactar como ellos.
Ejercicio 3. Conteo de citas en los artículos científicos
Los trabajos científicos tienen un estilo muy diferente al de las novelas y otros escritos del
ámbito popular (ver Ejercicio 11. Errores frecuentes en la escritura de documentos
científicos). Una de las particularidades del inglés técnico es la tendencia a frases cortas y
concretas. Por lo regular una frase corresponde a una idea solamente. Muchas veces, una
frase esta sustentada por una cita. Las citas en los trabajos científicos tienen la finalidad de
documentar las aseveraciones. La cita permite que el lector crítico pueda comprobar por sí
mismo la solidez científica. Lo que más cuenta son los datos cuantitativos obtenidos por
medio de experimentos repetibles y reproducibles.
La forma en que se construye un artículo científico y los lugares en donde se ponen las citas
tienden a seguir un patrón. La cita se pone al final de una frase, sobre todo cuando se quiere
recalcar un dato numérico o una conclusión que puede ser cuestionada por el lector. La cita
corresponde a la frase en la que se pone. Ojo, la cita no se pone al final de todo un párrafo,
sino que cada frase tiene su cita. La introducción por lo regular contiene muchas citas. En la
sección de resultados, las citas a trabajos externos son mínimas y más bien se ponen citas a
figuras o tablas propias. El abstract es muy corto y no contiene casi citas.
Hagamos un ejercicio para ver como se estructuran los artículos científicos y que tantas
citas se incluyen dentro de cada sección.
El objetivo de este ejercicio es reforzar las siguientes habilidades:
 recabar información bibliográfica de la Web of Science
 descargar artículos en formato pdf
 distinguir entre citas a trabajos externos o citas a datos propios
 recabar datos contando el número de frases y de citas
 preparar tablas y figuras con los datos obtenidos
 hacer cálculos estadísticos (promedio y desviación estándar) y preparar
figuras en excel.
 Exportar las figuras Excel a powerpoint (ppt) y presentar resultados a una
audiencia para convencerlos de que pudo contestar ciertos preguntas
basándose en hechos reproducibles.
1)
Haga una búsqueda de los artículos publicados por al menos un autor de la siguiente lista:
 Tiessen A.
 Geigenberger P.
 Stitt M.
 Fernie A.
 Zeeman S.
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



Willmitzer L.
Sonnewald U.
Smith, A.
Lunn, J.
Métase a Web of Science e ingrese cada autor por separado (apellido y primera letra del
nombre). ¿Cuantos artículos ha publicado cada autor?
Haga una búsqueda combinada con la opción "OR" (opcion "o" en ingles). Descargue esa
lista de referencias y expórtela en un documento Word. De todos esos artículos escoja 8
artículos que hayan sido publicados en las revistas de más alto impacto para el área plantas:
Plant Cell, Plant Physiology, Plant Journal o Journal of Experimental Botany, New
Phytologist, Trends in Plant Sciences, etc.
2)
Descargue los archivos pdf de los 8 artículos que escogió. En primera instancia no necesita
leer el contenido del artículo, sino solo contar frases y citas. Identifique las diferentes
secciones del artículo, cuente el número de frases, el número de citas externas, y el número
de citas internas para cada sección del artículo.
Cada frase termina con un punto (la cita esta siempre antes del punto). Una cita externa es
cuando se hace referencia a otro articulo (Tiessen et al., 2002). Una cita interna es cuando
se hace referencia a una figura o una tabla (Figura 1). Para cada uno de los 8 artículos llene
una tabla como la siguiente:
Articulo X
Número
frases
Número
citas
externas
Número
de citas
internas
Abstract
Introduction
Methods
Results
Discussion
Total articulo
Haga una tabla para cada uno de los artículos. Con los datos de los 8 artículos haga
cálculos, saque promedios y desviaciones estándar (ver siguiente tabla ejemplo). Calcule la
densidad de citas para cada sección de cada artículo. (Número de citas entre número de
frases)
Resumen de datos
Artículo1
Citas
internas/
frase
Citas
externa
s/frase
Artículo 2
Artículo …
Promedio
Desviación
estándar
Citas
internas
/ frase
Citas
internas/
frase
Citas
internas/
frase
Citas
interna
s/ frase
Citas
externas
/frase
Citas
externas/
frase
Citas
externa
s/frase
Citas
externa
s/frase
Abstract
Introduction
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Methods
Results
Discussion
Total
articulo
Haga una figura con los promedio y ponga las desviación estándar con barras de error.
Haga también pruebas de Tukey LSD con R para identificar diferentes significativas entre
secciones. Si no sabe usar R, aprenda ahora. Descargue el tutorial de R del Dr. Axel (se
encuentra en documentos compartidos del lab) y haga los ejercicios. Calcule también para
cada sección por separado, el % de frases que contiene cada sección del artículo. Por
ejemplo: número de frases del abstract / número de frases totales en el artículo. Saque
promedios y haga una figura pastel en Excel.
3)
Conteste las siguientes preguntas basándose en sus propios datos:
¿Cuál es la sección más extensa de los artículos? (la que tiene mas % de frases)
¿Cuál es la sección más breve? (la que tiene menos % de frases)
¿Cuál sección tiene más densidad de citas externas?
¿Cuál sección tiene más densidad de citas internas?
¿Cuál es el promedio de citas por frase para cada sección?
¿Qué articulo de los 8 tiene la más alta densidad de citas?
¿Qué articulo de los 8 tiene la más baja densidad de citas?
Con sus datos, verifique o falsifique las siguientes hipótesis:
El abstract es la sección más corta de los artículos.
La introducción es la sección con la mayor densidad de citas.
4)
Haga las figuras y prepare una presentación ppt en donde explique el tema, presente las
preguntas a contestar, explique la forma en que obtuvo los datos (metodología), los cálculos
que realizó para analizarlos, etc.
Presente las figuras con su estadística respectiva y explique los resultados. Termine su
presentación proponiendo reglas generales de cómo estructurar un artículo científico, y de
cómo acomodar las citas en los trabajos científicos.
Ejercicio 4. Tipos de títulos
El título de un artículo contiene el mensaje principal, debe englobar en una sola frase lo
más relevante de todo el trabajo. En base al título es que uno decide leer o no todo lo
demás. Es determinante para la revista en donde se pretenda publicar, y tambien determina
en gran medida el número de citas que potencialmente recibirá. Existen diferentes tipos de
titulos. Los hay cortos o largos, descriptivos o específicos. Unos titulos dicen mucho, otros
poco o casi nada. En algunos se presenta un resultado concreto, mientras que en otros solo
se da una descripción general del tema tratado.
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Ejemplos de títulos específicos (mencionan resultados concretos)







Enhanced Photosynthesis and Growth in atquac1 Knockout Mutants Are Due to Altered
Organic Acid Accumulation and an Increase in Both Stomatal and Mesophyll Conductance
The Arabidopsis ABHD11 Mutant Accumulates Polar Lipids in Leaves as a Consequence
of Absent Acylhydrolase Activity
The bHLH Transcription Factors TSAR1 and TSAR2 Regulate Triterpene Saponin
Biosynthesis in Medicago truncatula
The Adaptor Complex AP-4 Regulates Vacuolar Protein Sorting at the trans-Golgi Network
by Interacting with VACUOLAR SORTING RECEPTOR1
Profilin-Dependent Nucleation and Assembly of Actin Filaments Controls Cell Elongation
in Arabidopsis
Rj4, a Gene Controlling Nodulation Specificity in Soybeans, Encodes a Thaumatin-Like
Protein But Not the One Previously Reported
An Optimal Frequency in Ca2+ Oscillations for Stomatal Closure Is an Emergent Property
of Ion Transport in Guard Cells
Ejemplos de títulos generalistas descriptivos (engloban todo pero no dan un resultado
concreto)




Regulation of Primary Metabolism in Response to Low Oxygen Availability
C4 Photosynthesis in the Rice Paddy
Functional Analysis of the Hsp93/ClpC Chaperone at the Chloroplast Envelope
Genome-Wide Analysis of Alternative Splicing during Development and Drought Stress in
Maize
Ejercicio: Visite la página web de 2 revistas de alto impacto Plant Physiology
(http://www.plantphysiol.org/content/current) y Plant Cell (http://www.plantcell.org/).
Revise todos los títulos de un volumen mensual de esas dos revistas. Clasifique los títulos
en específicos o generalistas. Cuente cuantos hay de cada uno. Cuente aparte los que no
pueda clasificar ni en una ni en otra categoría. Ahora vaya a 2 revistas de bajo impacto:
Agrociencia --> http://www.colpos.mx/agrocien/agrociencia.htm
Phyton Int J Exp Bot --> http://www.revistaphyton.fund-romuloraggio.org.ar/
Descarge todos los títulos de un volumen y repita el mismo ejercicio: clasifiquelos en
específicos o generalistas. Ahora compare los resultados entre las 4 revistas (2 de bajo
impacto 2 de alto impacto). ¿Existen diferencias en el tipo de títulos entre las diferentes
revistas? ¿Qué tipo de título es más frequente en cada una de esas revistas? Explique la
razón.
Llene la siguiente tabla con sus resultados:
Tipos de Títulos
Específicos Generalistas Ambiguo
concretos
descriptivos
Plant Cell
Plant Physiology
Agrociencia
Phyton Int J Exp Bot
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Ejercicio 5. Cambie el tipo de título ¿para publicación o tesis?
En base al ejercicio anterior entendió que existen diferentes tipos de títulos científicos. Los
títulos generalistas son más adecuados para las portadas de tesis (licenciatura o posgrado),
mientras que los específicos son más aptos para publicaciones en revistas de impacto.
Ahora haga un ejercicio de redacción en inglés. A partir de un título específico, entienda la
temática que se engloba y redacte un título general para la tesis.
Ejemplo de título para artículo:

Enhanced Photosynthesis and Growth in atquac1 Knockout Mutants Are Due to Altered
Organic Acid Accumulation and an Increase in Both Stomatal and Mesophyll Conductance
Ejemplo de título global para tesis:

Physiological and metabolic effect of the mutation of atquac1 gene in Arabidopsis
Cambielos a títulos generales:






The Arabidopsis ABHD11 Mutant Accumulates Polar Lipids in Leaves as a Consequence
of Absent Acylhydrolase Activity
The bHLH Transcription Factors TSAR1 and TSAR2 Regulate Triterpene Saponin
Biosynthesis in Medicago truncatula
The Adaptor Complex AP-4 Regulates Vacuolar Protein Sorting at the trans-Golgi Network
by Interacting with VACUOLAR SORTING RECEPTOR1
Profilin-Dependent Nucleation and Assembly of Actin Filaments Controls Cell Elongation
in Arabidopsis
Rj4, a Gene Controlling Nodulation Specificity in Soybeans, Encodes a Thaumatin-Like
Protein But Not the One Previously Reported
An Optimal Frequency in Ca2+ Oscillations for Stomatal Closure Is an Emergent Property
of Ion Transport in Guard Cells
Ejercicio 6. Mini estructura de un abstract
Los abstracts científicos son cortos y resumidos. Es más largo que un titulo y por eso puede
contener toda la información importante. Se trata de incluir los resultados más revelantes,
pero también tienen una mini estructura como de introducción, métodos, resultados y
conclusiones. El siguiente ejercicio es para que pueda catalogar las secciones analizando
frases individuales del abstract.
1)
Con los 8 artículos que descargó de los ejercicios anteriores, ahora concéntrese solo en los
abstracts.
2)
Ponga en amarillo todas las frases que usted clasificaría como frases de introducción.
Ponga en azul todas las frases que corresponden a métodos.
Ponga en rojo todas las que corresponden a resultados.
Ponga en verde todas las que corresponden a conclusiones.
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Si una frase contiene tanto métodos como resultados, entonces cuéntela doble para cada
sección. No importa que la suma de más que el número de frases total del abstract. El chiste
es que clasifique las frases por su tipo de contenido. ¿Es una frase introductoria, o un
método? ¿Es un resultado concreto o una conclusión general? ¿Está soportado por datos
numéricos cuantitativos o es algo cualitativo?
Cuente el número de frases de cada sección (color diferente). Recabe los datos para llenar
una tabla como la siguiente:
Artículo Artículo Artículo Promedio
Desviación
1
2
…
estándar
frases
frases
frases
frases
% frases frases
% frases
Introducción
(frases color
amarillo)
Métodos
(frases color
azul)
Resultados
(frases color
rojo)
Discusión
(frases color
verde)
Haga una figura con los promedios y ponga la desviación estándar con barras de error.
Haga también pruebas de Tukey para identificar diferencias significativas entre secciones.
Calcule también el % de frases que contiene cada sección del abstract. Por ejemplo: número
de frases de introducción en el abstract / número de frases totales en el abstract. Saque
promedios y haga una figura pastel en excel.
3)
Conteste las siguientes preguntas basándose en sus propios datos:
¿Cuál es el tipo de frase mas común en los abstracts? (la que tiene mas % de frases)
¿Cuál es la sección menos común? (la que tiene menos % de frases)
Con sus datos, verifique o falsifique la siguiente hipótesis:
El abstract contiene los resultados principales del artículo.
4)
Haga las figuras y prepare una presentación ppt en donde explique el tema, presente las
preguntas a contestar, explique la forma en que obtuvo los datos (metodología), los cálculos
que realizó para analizarlos, etc.
Presente las figuras con su estadística respectiva y explique los resultados. Termine su
presentación proponiendo reglas generales de cómo estructurar un abstract, y de cómo se
pueden resumir muchos resultados científicos por medio de un texto breve.
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Ejercicio 7. Búsqueda de citas y su contexto
La forma de citar un trabajo tiene ciertos formatos estándar. La cita se pone al final y
muchas veces se pone cuando se quiere recalcar un dato numérico o una conclusión. La cita
hace referencia solo a esa frase que la contiene. Ojo, la cita no se pone al final de todo un
párrafo, sino que cada frase tiene que tener su cita. Hagamos un ejercicio para ver como los
científicos profesionales citan los trabajos de otros colegas.
El objetivo es reforzar las siguientes habilidades:
-recabar información bibliográfica de la Web of Science
-ordenar artículos según factor de impacto de la revista y el numero de citas.
-leer y comprender un artículo en ingles
-extraer las frases claves del artículo
-buscar las citas de otros artículos
-descargar los artículos, y buscar como están citadas.
-ver la forma en que diferentes autores citan el mismo articulo
1)
Escoja 5 palabras clave sobre el tema que le interesa.
Anote las palabras clave en su labbook.
Métase a la web of science y ingrese esos términos. Busque todos los artículos que
contienen al menos tres de sus palabras clave. Ordene los artículos según el impacto de la
revista y su naturaleza (sin son artículos experimentales o revisiones).
Descarte los artículos que sean review y solo conserve los que son experimentales y
presentan resultados.
Ordene los artículos según el número de citas que han recibido.
Seleccione los artículos que tengan mas citas por año que el factor de impacto de la revista.
(over cited articles).
Considere el año de publicación y haga una corrección de promedio de citas por año.
Si un artículo tiene 5 años y ha recibido 100 citas, y otro articulo tiene 3 años y ha recibido
80 citas, ¿cual tiene mas impacto?
De la lista de los overcited articles, seleccione uno solo. El que le guste más. (éste será su
artículo estrella)
Descargue la versión pdf, imprímalo y léalo bien (solo tiene que leer un articulo completo).
2)
Con un marcador amarillo subraye las frases clave de la sección de abstract, resultados y
discusión de su artículo estrella.
Copie estas frases subrayadas en amarillo tal cual, sin cambiar nada y póngalos en un
documento Word.
3)
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Regrese a Web of Science y descargue la lista de los artículos que han citado su artículo
estrella.
Descargue las versiones pdf de esos artículos de la lista y busque en que parte del artículo
esta citado su artículo estrella.
Copie la frase (o frases) en donde esta citado su articulo estrella y póngalas en su
documento Word.
Haga esto con todos los artículos de la lista. (requiere tiempo para revisar mas de 20
artículos)
4)
Compare como otros citan el mismo artículo. ¿Puede identificar frases idénticas o
similares? ¿Como están estructuradas las frases que citan su artículo estrella?
5)
Usted debe conocer de arriba abajo su artículo estrella. Ahora vea como otros citan ese
artículo. Ponga una palomita, si está de acuerdo que la cita que ponen realmente esta
sustentado en el artículo estrella. Ponga un tache, si la cita realmente no esta sustentada.
Indique a que sección del artículo hace referencia: abstract, introducción, materiales y
métodos, resultados conclusiones. ¿Esta sustentada la cita con alguna figura dentro de su
artículo estrella?
Vea si la forma de citar es similar en diferentes artículos.
Ejercicio 8. Leyendas de figuras
La leyenda de una figura es una parte fundamental para presentar y explicar nuestros
experimentos a los demás. En la leyenda debe de estar todo lo mínimo necesario para
entender el experimento, el método principal y los resultados. Un error frecuente de los
estudiantes novatos es que sus figuras no tienen leyendas; es demasiado corta y dice poco
del experimento, o bien solo dice cosas obvias que se entienden de la propia figura. A leer
las leyendas uno debe hacerse la pregunta: ¿entiendo los resultados sin haber leído todo la
tesis o el articulo?
Tarea:
Escoja 10 artículos de revistas de alto impacto en plantas como Plant Cell, Plant Journal o
Plant Physiology. Descargue los archivos pdf, pero solo lea las leyendas de las figuras. No
lea el articulo completo, solo las leyendas.
Hágase la pregunta: ¿entiendo los resultados sin haber leído todo el articulo? ¿Es una figura
importante para el impacto de la publicación? Haga una tabla de resultados en donde ponga
sus respuestas de cada figura-leyenda. Escoja las 3 figuras con las leyendas mas
explicativas, útiles o importantes. Compárelas con las leyendas menos buenas.
Escoja la leyenda menos explicativa y reescríbala basándose en la lectura y compresión del
articulo. ¿Es capaz de reescribir una leyenda mejor de lo que esta publicado? Los
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estudiantes de licenciatura y maestría puede hacer el ejercicio en español, mientras que los
de doctorado lo deben hacer en ingles.
Copie en un word la figura con la leyenda original, y abajo ponga su leyenda mejorada.
Para recordar. Cuando escriban una tesis, lo primero que deben dejar listo son las figuras y
sus respectivas leyendas. El primer paso para escribir un articulo científico es empezar por
las figuras, y la leyenda es una parte primordial de cualquier figura. Si con sus figuras y
leyendas en un archivo PowerPoint son capaces de contar una historia, ya tienen un
articulo, aunque todavía les falte escribir el texto en Word, con las puras leyendas en
PowerPoint ya tienen la batalla ganada.
Cuando escriban una tesis, lean sus leyendas por separado del texto principal.
Ejemplo de leyenda corta y poco explicativa:
Figura 7. Contenido de glucosa.
Si leen solo la leyenda anterior, ¿entienden de que se trató el experimento?
Ejemplo de una leyenda mas completa:
Figura 7. Contenido de glucosa en diferentes tejidos de maíz durante la etapa
vegetativa. Plantas de maíz crecidas en macetas de invernadero hasta la etapa V9
fueron inoculadas por medio de una jeringa con una solución de Ustilago maydis
dicariotica y cosechadas a los cinco días de la infección. Se colectaron por separado los
tejidos: tallo vegetativo (TV), tallo floral (TF), jilote (JT), hoja laminar (HL) y
totomoxtle (TO), tanto de plantas control (CTR) como de plantas infectadas con el
hongo (INF). El contenido de glucosa se midió en un lector de microplacas mediante
un ensayo enzimático acoplado. Las barras indican valores promedio y error estándar
(n=5). Los resultados de la prueba T de Student (con α=0.5) se presentan con los
siguientes códigos significancia: p<0.001 ‘***’; p<0.01 ‘**’; p<0.05 ‘*’.
Acuérdense de poner siempre en la leyenda, el numero n de replicas del experimento. El
resultado de la figura no tiene la misma solidez si n=3 o si n=10.
Ejercicio 9. Evaluación de proyectos
Como estudiantes de ciencia es muy importante reforzar la habilidad de diseñar
experimentos para contestar preguntas biológicas. Por ejemplo, para el predoc es muy
importante proponer un proyecto, hacer una lista de preguntas, diseñar una estrategia,
escoger la metodología, etc. También se tiene que estimar la factibilidad (tiempo, dinero,
capacidades, etc).
Una forma de aprender, es evaluando los proyectos de otros. A manera de ejercicio, se les
anexará un proyecto de los que me han tocado evaluar. Es confidencial, así que
manténganlo cerrado entre los miembros del lab 5.
La tarea que les encomiendo es que lo lean y que lo evalúen:
 Destacando las fortalezas, debilidades, etc.
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13

Haciendo recomendaciones puntuales, etc.
Dentro de nuestro posgrado de Biotecnología de Plantas hay un curso de diseño de
proyectos. Este ejercicio es como una extensión de ese curso pero ya para nivel doctorado.
Antes que diseñar, es bueno aprender a evaluar los proyectos de otros. De esa forma será
más fácil después diseñar su propio proyecto.
Ejercicio 10. Selección de frases clave para un tema de interés
Los artículos de revisión tienen la función de recopilar información ya publicada en muchas
revistas de una manera congruente y compacta. Al inicio del doctorado, los estudiantes
deben leer muchos artículos para poder profundizar sus conocimientos y darse una idea del
estado del arte. Esta revisión sirve también para poder definir un nuevo proyecto por medio
del cual se quieren graduar y aportar a la ciencia.
Hagamos un ejercicio para reforzar las siguientes habilidades:
-recabar información bibliográfica de la Web of Science
-construcción de una librería personalizada con Endnote
-leer y comprender artículos en ingles
-extraer las frases claves del articulo
-ordenar las frases y agruparlas por subtemas
La tarea consiste en los siguientes pasos:
1)
Escoja 5 palabras clave sobre el tema que le interesa (su proyecto de tesis).
Métase a la web of science y ingrese esos términos. Busque todos los artículos que
contienen al menos tres de sus palabras clave. Ordene los artículos según el impacto de la
revista y su naturaleza (sin son artículos experimentales o revisiones).
2)
Escoja 20 artículos experimentales y descargue las versiones pdf de ellos. Ingrese a la web
de la biblioteca y busque las revistas de texto completo.
Lea los 20 artículos completos y clasifíquelos según la calidad de los resultados.
Califique los artículos del 1 al 10, según su nivel. Pregúntense, ¿Es este un buen articulo
que me gustaría citar o no?
Recuerde que al citar un articulo, le esta dando un "premio". El grado de impacto de las
revistas y de los artículos se define según las citas por año. Si un artículo es bueno, cítelo, si
es muy malo, no lo cite.
Descarte los 5 peores artículos de su lista y reemplácelos por otros mejores.
3)
Con un marcador amarillo subraye las frases clave de la sección de abstract, resultados y
discusión de cada uno de los artículos. Escoja frases que tengan referencia a una cita interna
(figura o tabla).
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Copie estas frases tal cual, sin cambiar nada y póngalos en un documento de Word nuevo.
Ponga la frase y la cita del artículo. Haga esto con los 20 artículos.
Por el momento solo liste las frases de cada artículo de forma secuencial.
5)
Ahora trate de ordenar las frases por tema o por enfoque. No se preocupe si aun hay huecos
y todavía no forman un hilo rojo o una historia. Ordene las frases y acomódelas por tema
(cada articulo puede ser un tópico diferente). Hasta este momento, usted no necesitó
escribir nada de su parte. Todo lo que tenga en su documento word es un simple copy-paste
de artículos publicados. Al principio le costará trabajo copiar lo de otros al pie de la letra
(parece plagio), pero no se detenga en esta etapa, usted copie y pegue sin preocuparse. Lo
bueno es que copiando no cometerá errores de ingles. Las frases originales que escoja en
este ejercicio le servirán de esqueleto para el siguiente ejercicio (escribir un minireview).
6)
Transforme las citas con Endnote. Si es un artículo que aun no tiene incluido en su librería,
impórtelo a Endnote, buscando por autor y año (función de connect to ISI en Endnote). Use
su librería, seleccione el artículo que quiere citar y haga copy-paste hacia word. Se
insertara la cita en el formato crudo de Endnote. Este tiene corchetes y un numero #
Ejemplo: {Tiessen, 2002 #345}
Si quiere citar varios artículos para una sola frase, separe con punto y coma dentro de un
mismo corchete. Ejemplo: {Tiessen, 2002 #345; Farre, 2001 #241}
Desactive la función Endnote de formato automático (Menu Bibliography, Instant
Formating, turn off). El formato se lo daremos hasta el final. Durante la redacción de un
manuscrito, es preferible no formatear las citas mientras se completa el manuscrito.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Ejercicio 11. Errores frecuentes en la escritura de documentos
científicos
Los estudiantes que escriben por primera vez (su tesis o su articulo) enfrentan casi siempre
las mismas dificultades. Esto se debe a que un documento científico tiene características
muy diferentes al lenguaje que usamos comúnmente de forma oral. Muchas veces se
empieza a escribir como se habla. Ya después van perfeccionando su estilo. El idioma
también tiene mucha influencia. Por ejemplo, el español tiende a frases mas largas,
mientras que el inglés técnico es más de frases cortas. Es por ello que vale la pena repasar
los errores mas frecuentes para tratar de evitarlos desde el inicio.
Referencias:
No se ponen suficientes referencias. Por lo regular, la introducción debe contener al menos
una referencia por párrafo. Cada frase que contenga información relevante requiere de una
cita. Las citas son necesarias para justificar cada dato (statement) que se presenta y hacerlo
mas creíble. La ciencia necesita soportarse con evidencia comprobable para los demás.
La calidad científica de un documento se puede medir con el número de citas que se
incluyen. Los estudiantes novatos casi no ponen citas en sus tesis, mientras que los mas
avanzados ponen mas y mas citas. Cuando se vuelven profesionales, es que seleccionan las
citas de forma cuidadosa, citando algunos trabajos, y dejando afuera los que se consideran
de menor valor. ¿Cuál es la cita de mas calidad que respalda el statement principal de esta
frase? ¿Voy citar los resultados del grupo de Mark Stitt o los de Javier Pozueta?
Lugar en donde se pone la cita:
Las citas se ponen al final de la frase antes del punto, no en medio o al inicio. Existen casos
en donde se ponen varias citas, y entonces se pueden insertar citas a la mitad de la frase,
cuando se quiere diferenciar el origen de la información, o después de cada statement.
Las citas se ponen al final de cada frase, no solo al final del párrafo. Es un error muy
frecuente que se escribe todo varios párrafos de muchas frases pero solo se pone una cita al
final por todo. Si es necesario, se debe repetir la referencia para cada frase que requiera un
soporte. De esta forma se dice que la información es más sólida y no es resultado de las
especulaciones personales del autor. La práctica de poner una sola referencia al final de un
grupo de frases puede confundir a los lectores. ¿Que es lo que si esta soportado por la
referencia y que no?
Punto final después de la cita:
La cita se pone antes del punto final de la frase (Tiessen et al., 2002). No se debe poner un
punto antes de la cita. (Tiessen et al., 2002) Ya que de esta forma parece que la cita esta al
inicio de la siguiente frase.
Tiessen et al. (2002) dijo que la cita debe de estar al inicio de la frase.
La cita debe estar al inicio de la frase (Tiessen et al. 2002).
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Idioma de la cita:
La forma de citar es cuestión de preferencias y costumbres. Puede ser en versión en español
(Tiessen y col., 2002), o en versión en latin (Tiessen et al., 2002) que es la más usada y
recomendada internacionalmente. Lo importante es ser consecuentes y no mezclar
formatos.
Programas para manejo de bibliografía:
Un error frecuente es que no se usa Endnote o RefManager y por eso las citas no tienen un
formato estándar en todo el documento. Es muy importante aprender a usar estos programas
desde antes de que se escribe la tesis.
Las referencias deben de tener el mismo formato: Autores, año, titulo, revista, volumen y
página.
Frases largas:
Uno de los errores mas predominantes es que se escriben frases demasiado largas.
Frecuentemente se escriben frases que abarcan varios renglones, y a veces hasta un párrafo
entero. Una frase debe de tener un mensaje principal, no tres o cuatro. Evitar frases con
muchos mensajes y muchas condiciones. Usar más puntos. No importa que la lectura
parezca más cortada de la forma en que uno esta acostumbrado a hablar. Lo importante es
que cada frase sea clara y se pueda soportar con una referencia, figura o tabla.
Si las frases son muy largas y con muchas comas, se puede corregir muy fácilmente
poniendo más puntos en lugar de comas. Al revisar un texto hay que preguntarse: ¿Se
puede sustituir esta coma por un punto? Si es posible, hágalo.
Rollo:
Se escribe mucho texto sin tener muy claro el mensaje que se quiere dar. Revisar que cada
frase tenga una coherencia en el contexto global.
Revisiones bibliográficas fuera de contexto:
Se escribe una introducción como para hacer una revisión bibliográfica general de todos los
antecedentes, pero no se le pone en el contexto del propio proyecto. Preguntarse a si
mismo: ¿Qué tiene que ver esto con mis resultados? ¿Voy a tocar este tema después en la
discusión?
Hay que recordar que los lectores principales no son personas novatas que apenas están
aprendiendo que el maíz es una planta de la familia de las poaceas y que se cultiva
ampliamente en México. Si se toca un tema en la introducción, hay que tratar de ver que
relevancia tiene para justificar el proyecto o entender mejor los resultados. Pero no hablar
de temas que después no se abordan.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Para ello es una práctica útil, leer introducción, saltarse métodos y resultados y leer la
discusión. Para tratar de hacer un gancho entre el inicio y el final de la tesis.
Introducciones demasiado largas:
Es mejor una introducción corta y concreta que una larga y cantinflesca. Muchas veces se
hecha mucho rollo, y se tocan muchos temas, pero al final, si uno ve los resultados, no se
nota la relevancia. A veces se generan incógnitas/expectativas en la introducción que
posteriormente no se abordan en la sección de resultados ni discusión de la tesis. ¿Para qué
me cuenta todo esto?, si al final no lo contesta en su tesis. ¿Se quiere escribir un review o
una tesis experimental?
Algunos profesores opinan que la calidad científica de una tesis se puede medir
indirectamente contando el número de páginas para cada sección. Una tesis rollera tiene 45
páginas de introducción, 10 de métodos, 5 de resultados y 40 páginas de discusión.
Una tesis más sólida tiene solo 10 páginas de introducción, 20 de métodos, 40 de resultados
y 30 páginas de discusión.
Frases redundantes y largas
A veces se intenta escribir mucho, pero sin tener claro el mensaje principal. Los estudiantes
no saben bien lo que quieren decir, y entonces escriben cualquier cosa de relleno para que
las hojas tenga mas tinta, o bien para usar mas hojas de papel para engordar la tesis. Tenga
en cuenta que ha habido casos de premios Nobel otorgados por artículos científicos de solo
dos páginas, mientras que una tesis de cien o de mil paginas, no siempre tiene la calidad
científica deseada.
No importa el rollo sino el contenido de fondo. Parece como que se tiene miedo de que las
frases sean demasiado cortas y por eso se trata de rellenar y de adornar de forma
redundante. Es como si la cantidad de palabras reflejará la cantidad de trabajo. (ver
ejemplos mas abajo)
Justificaciones
La introducción puede tener justificaciones, pero la sección de resultados debe de ser lo
más concreta posible. En los resultados no es necesario justificar porque se midió esto y
esto. Es mejor ir directo al grano diciendo como se hizo el experimento y lo que se obtuvo.
Ejemplo extremo de rollo, redundancia y frases largas: Como es importante determinar
el contenido de metabolitos, para así entender el metabolismo de la planta y conocer así las
rutas bioquímicas de la célula vegetal más a fondo, se decidió medir la sacarosa en las
plantas que se crecieron en el invernadero bajo sequía, para así determinar si su contenido
aumenta bajo las condiciones experimentales que se seleccionaron, para así poder saber si
su concentración es mayor o menor en las plantas cosechadas, y de esta forma comparar los
niveles que se observaron en las otras muestras que se cosecharon bajo un régimen de riego
normal donde también se determinó el contenido de sacarosa. Por esta razón, se midió la
sacarosa con el método que se considero más adecuado, ya que este permite la
cuantificación de sacarosa, y así se pueden generar resultados más confiables, ya que los
datos que se obtuvieron, demostraron que los resultados indican que la sacarosa es un
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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metabolito muy importante bajo condiciones de sequía. El contenido de sacarosa que fue
medido bajo condiciones de estrés hídrico se presenta en la Tabla 1 que se muestra mas
abajo, en las siguientes páginas donde se puede apreciar la tabla de resultados, y que
demuestra que los niveles de este azúcar, que es un carbohidrato soluble, y que esta
formado de glucosa y fructosa, cambio muy fuertemente debido al régimen de riego, es
decir, que fue dependiente del agua como se puede consultar en la Tabla 1.
Ejemplo corto y conciso: La sacarosa incrementó 50% en las plantas expuestas a sequía
dentro del invernadero (Tabla 1).
En el primer ejemplo se justifica y se cuentan cosas demasiado redundantes. Mucho rollo
pero poco contenido (cantinflesco). Al final y al cabo, no se dice cuanto por ciento fue el
aumento. En cambio, el segundo ejemplo, es mucho mas corto, pero da un valor
matemático e indica la referencia donde se pueden consultar los datos. Eso es suficiente. Ya
en la sección de discusión se puede hablar de las implicaciones de ese resultado en el
contexto global de la tesis. En la introducción de la tesis, puede explicar la estructura e
importancia de la sacarosa, pero no es necesario ponerlo en la sección de resultados.
Redacción:
Escribir un documento es un arte más que una ciencia. La buena redacción es un talento
que se hereda, pero que también se puede aprender con la práctica. Por eso es que ayuda
mucho leer artículos. Leer mucho sirve aprender a escribir mejor. En la ciencia existen
muchas frases estándar que se pueden usar y reusar en diferentes contextos. Basta con
cambiar algunas palabras y listo.
Por ejemplo, la forma de describir los materiales y métodos a veces es muy estándar, y sin
embargo, muchos estudiantes batallan mucho con eso. Pareciera que no leen artículos o que
no le prestan atención en esos lineamientos.
Lógica de la historia
La tesis debe de ser como una historia. Debe de tener un hilo rojo, una trama. Si se puede
escribir como una historia de suspenso, mucho mejor. Lo que mas satisface al leer una tesis,
es que uno lea la introducción, y que se de uno cuenta de las preguntas para las cuales aun
no se conoce una respuesta, y que después en los resultados, uno vea que se han contestado
algunas incógnitas de forma estadísticamente confiable, y que al checar los métodos uno
coincida que fueron los adecuados, y que después de leer la discusión uno adquiera una
nueva forma de entender el tema. Es decir, que te cambie el paradigma. Que al leer la intro
y después la discusión uno vea como se amplio el conocimiento en esa área.
Síntesis:
No es fácil resumir el trabajo de 2 años en una sola página. Sin embargo, es un ejercicio
muy importante para los futuros científicos. Hacer una síntesis de los mensajes principales.
Resaltar lo que es novedoso. Lo que es importante. Lo que es relevante para el avance de
los conocimientos. Eso solo se puede aprender con la práctica. Por eso ayuda mucho leer
artículos de otros.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Idioma:
Se mezcla muchas veces los idiomas. Escribir todo en español o todo en ingles. No hacer
un tutti fruti alternado.
De preferencia hacer todas las figuras en ingles. Siempre en ingles, y solo en ingles. De esta
forma se pueden usar para las presentaciones de seminarios, para los congresos, para la
tesis y para el artículo que se publique.
Tiempo pasado de los verbos:
Un error muy frecuente es que se escribe la tesis usando los verbos en tiempo presente.
Para un texto científico de una tesis, los resultados por lo regular fueron dependientes del
contexto en el que se hicieron los experimentos. Por lo regular no hemos repetido el
experimento cientos de veces, por lo que no podemos aun hablar de leyes universales que
siempre suceden en todos los casos, sino de los resultados específicos que se obtuvieron
durante nuestra tesis. Un científico critico debe preguntarse si es que uno lo hace de otra
manera, el resultado sería diferente. Es por ello recomendable escribir los resultados
usando verbos en pasado.
Ejemplo:
El tumor es uno de los tejidos
con mayor contenido de fructosa. El almidón sube en las
muestras sometidas a estrés.
-->
El tumor fue uno de los tejidos con mayor contenido de fructosa. El almidón subió en las
muestras sometidas a estrés.
Ortografía:
Uno de los errores más frecuentes es la ortografía. Es común encontrar palabras con letras
cambiadas o mal escritas. Como mínimo se espera que se use la función de Word para
corregir ese tipo de errores. Muchos profesores se fijan en los errores ortográficos como
una forma de estimar el nivel intelectual de un escrito.
Un error muy frecuente también es la falta de punto al final de una frase. Otro es los
espacios dobles entre palabras. Esto se puede corregir haciendo una búsqueda de espacios
dobles en todo el documento.
También es frecuente el error del los espacios antes y después de las comas y los puntos,
etc.
Leyenda de las figuras:
Lo primero que tienen que terminar para una tesis son las figuras y tablas. La tesis o el
articulo se empieza con las figuras y las leyendas.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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El documento word de una tesis se puede empezar a escribir con los métodos y la
introducción desde el primer año. Pero los resultados solo se deberían de escribir una vez
que están todas las figuras y tablas terminadas
Uno de los errores mas frecuentes es que las figuras de sus documentos de tesis no tienen
leyendas, o bien son demasiado cortos y poco informativos. Recomiendo leer las leyendas y
hacerse la pregunta: ¿entiendo los resultados sin haber leído toda la tesis?
Ejemplo de leyenda corta y poco explicativa:
Figura 7. Contenido de glucosa.
Si leen solo la leyenda anterior, ¿entienden de que se trató el experimento?
Ejemplo de una leyenda mas completa:
Figura 7. Contenido de glucosa en diferentes tejidos de maíz durante la etapa
vegetativa. Plantas de maíz crecidas en macetas de invernadero hasta la etapa V9
fueron inoculadas por medio de una jeringa con una solución de Ustilago maydis
dicariotica y cosechadas a los cinco días de la infección. Se colectaron por separado los
tejidos: tallo vegetativo (TV), tallo floral (TF), jilote (JT), hoja laminar (HL) y
totomoxtle (TO), tanto de plantas control (CTR) como de plantas infectadas con el
hongo (INF). El contenido de glucosa se midió en un lector de microplacas mediante
un ensayo enzimático acoplado. Las barras indican valores promedio y error estándar
(n=5). Los resultados de la prueba T de Student (con α=0.5) se presentan con los
siguientes códigos significancia: p<0.001 ‘***’; p<0.01 ‘**’; p<0.05 ‘*’.
Acuérdense de poner siempre en la leyenda, el numero n de replicas del experimento. Si
ponen letras de agrupamiento estadístico en la figura, es necesario poner en la leyenda que
se realizo una prueba Tukey-LSD y poner el nivel de significancia (α=0.5).
Datos y Figuras:
Procedimiento:
Para los datos hay que tener archivos Excel. Después se exportan las graficas a powerpoint.
Pegar la figura como metaarchivo mejorado. Ahí en PPT se sigue formateando. Por
ejemplo, se organizan en paneles, se le agregan letras. Después se copia todo y se inserta en
Word como metaarchivo mejorado.
Una vez que ya esta, se necesita escribir una leyenda que explique bien todo lo que es
esencial saber para entender la figura. Poner breve información del experimento, del
método y también de la estadística.
Formato:
Itálicas:
Las palabras en latín y otros idiomas se deben poner el itálicas.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Mucha ciencia se deriva del latín: Los resultados del experimento in vitro demostraron que
la hipótesis que se tenia a priori sobre el locus del gen fue errónea y por eso se diseño otro
experimento que fuera mas ad hoc.
Los nombres de las especies deben tener el formato adecuado con itálicas: Arabidopsis
thaliana, Zea mays.
Nomenclatura taxonómica
Los nomenclatura binaria estándar debe de incluir las iniciales de la autoridad nombrante
(el taxónomo que hizo la descripción inicial y la clasificación). Muchas veces fue Linneo y
por eso se omite. Arabidopsis thaliana L., Zea mays L.
Sin embargo, es importante si se quiere hacer una distinción entre Lycopersicum
esculentum L., Lycopersicon esculentum Mill.,
Lycopersicon solanum Medik. , Lycopersicon lycopersicum (L.) H.Karst. o Solanum
lycopersicum L..
Aun mas relevante si la tesis tiene un enfoque taxonómico o evolutivo.
Títulos
Los títulos de las secciones no necesitan ser frases completas. Por lo mismo no se necesita
poner un punto final en el titulo.
Funciones de Word:
Usar las funciones de esquema en Word
Darle una estructura lógica al documento, mas que un formato. Esto es semejante a usar
LaTex. Uno no se distrae en la forma, sino en la estructura y el contenido.
Si se definen niveles de títulos, después se puede hacer un índice general de forma
automática.
Usar la función de control de cambio
Cuando uno colabora con otros coautores, es muy útil usar la función de control de cambios
para resaltar lo que se esta borrando o agregando
Muchas veces se pierde mucho tiempo marcando con colores (rojo o verde) los cambios de
texto. Word permite resaltar los cambios a posteriori con la función de combinar cambios.
Numeraciones automáticas:
Word tiene varias funciones para numeraciones automáticas. Aprender a usarlas todas.
Numeración de figuras y tablas
Word permite numerar las figuras y tablas de manera automática. También se pueden hacer
referencias cruzadas. De esta forma cuando se insertan más figuras, la numeración de
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actualiza automáticamente. Usar control E para seleccionar todo y el texto y luego F9 para
actualizar todas las numeraciones.
Numeración de hojas
Todos los documentos que tengan más de una hoja deben de llevar número de página. Se
puede poner arriba a la derecha, abajo a la derecha o en medio. Cuestión de estilo. Pero es
importante incluir el número de de pagina desde los primeros borradores de la tesis.
Numeración de secciones
La numeración de secciones permite del documento hacer referencias.
Ejemplo de esquema numerado:
1 Introducción
1.1 Usos del maíz
1.2 Metabolismo
1.3 Fisiología
2 Objetivos
2.1 Justificación del trabajo
2.2 Hipótesis general
2.3 Objetivo general
2.4 Objetivos específicos
2.5 Preguntas biológicas
3 Materiales y métodos
3.1 material biológico
3.2 Condiciones de crecimiento
3.3 Cosecha
3.4 Extracción de metabolitos
3.5 Medición de azucares
3.6 Medición de proteínas por western blot
3.7 Medición de genes por RT-PCR
4 Resultados
4.1 Experimento 1
4.2 Experimento 2
5 Discusión
5.1 Tema 1
5.2 Tema 2
6 Conclusiones
7 Referencias
Índice automático
Si se hace un documento con una estructura lógica, después es más fácil editarlo.
Otros detalles de redacción
Realizar la caracterización -> caracterizar
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23
Realizar las mediciones -> medir
Input Andres?
Ejercicio 12. Escritura de un minireview sobre un tema de interés
Los artículos de revisión tienen la función de recopilar información ya publicada en muchas
revistas. En el ejercicio anterior, usted extrajo las frases clave y la información que esta
sustentada con experimentos. Ahora, en este ejercicio, le tocara usar esas frases para
escribir su propio minireview.
Este ejercicio es para reforzar las siguientes habilidades:
-crear una historia coherente con las frases selectas
-empezar a redactar algunas frases cortas en ingles
Formato de artículo
-uso de las funciones de Word para jerarquía y formato de títulos
-uso de las funciones de Word para numeración automática y referencias cruzadas.
-usar Endnote para formateo de bibliografía
1)
Use el documento Word con las frases selectas ordenadas por tema (ejercicio anterior).
Se dará cuenta que existen aun huecos, y que todavía no se forma una historia. Para ello
hace falta rellenar huecos con otras frases. Antes de empezar a redactar frases propias,
vamos a copiar las frases que han escrito otros. Valla a los 20 artículos y concéntrese solo
en la sección de introducción.
2)
Ahora subraye en la sección de introducción las frases que mas le gusten para rellenar los
huecos se su propio minireview. De preferencia escoja frases que tienen una cita externa.
Copie las frases a su minireview. Copie estas frases tal cual, sin cambiar nada (no le
agregue ni le quite, déjela como esta). Deje la cita que acompaña a la frase. Revise el
artículo citado y compruebe que la frase dice algo que realmente esta soportado con
experimentos en la referencia que se cita. Si se da cuenta que la cita no tiene nada que ver
con lo que se dice, descártela.
Haga esto con los 20 artículos. Y agregue las frases a su minireview.
Ahora nos ocuparemos de retocar y adaptar
3)
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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Empiece a modificar las frases originales para que se adapten un poco al orden en que
aparecen en su minireview. Si hay dos frases que dicen lo mismo, pero tienen citas
diferentes, combínelas en una sola frase y junte las dos citas.
Cuando haya huecos entre una frase y otra, inserte una frase de su parte para ligar la frase
anterior con la siguiente. Escriba frases cortas y simples en ingles. No las alargue
demasiado. Entre más larga la frase es más difícil que sea gramaticalmente correcta. Solo
trate de hacer un puente entre una frase y la otra. Este ejercicio no trata tanto sobre
redacción en ingles, sino de recompilar, copiar y pegar y ordenar frases que otros han
escrito.
4)
Ahora elabore una o varias figuras o graficas que sirvan para el resumen del tema.
Considere las figuras que se muestran en los 20 artículos que reviso. Use powerpoint y
construya una grafica propia. Puede usar una grafica existente, modificarla, combinarla o
enriquecerla.
Inserte esa figura en su archivo Word como metarchivo mejorado. Insértela al final del
minireview, en una sección que se llame: Figures.
Póngale un titulo con la función de Word. Escriba una leyenda para la grafica. La leyenda
debe de ser descriptiva y se debe servir para entender la figura sin necesidad de leer el texto
principal.
Busque una frase donde sea relevante hacer referencia a su figura.
Con la función Word, haga una referencia cruzada a ese elemento (solo rotulo y numero).
5)
Ahora piense en un titulo que englobe lo que contiene su minireview. Piense en las 5
palabras clave que uso originalmente para seleccionar sus 20 articulos (ejercicio anterior).
Escriba el titulo y agregue los autores. Si se junto con otro estudiante para redactar el
artículo, decidan el orden de las co-autorías. Póngase de primer autor y su jefe como último
autor.
Ponga las afiliaciones y dirección de todos los co-autores.
6)
Ahora escriba un pequeño abstract para el minireview.
El abstract debe de ser menos de 200 palabras. Puede usar frases que ya están en su
minireview.
7)
Déle el formato final a su review. Use Endnote para parle formato a las citas y las
referencias.
Entregue su manuscrito a su tutor. Este le dará una calificación que servirá también para
calcular la calificación del semestre.
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Ejercicio 13. Escritura de métodos usando frases de cajón en
ingles
Descargue 5 artículos de la revista Plant Molecular Biology. Escoja artículos que tengan
que ver con la clonación de un gen o la generación de alguna planta mutante o transgénica.
Lea solo la sección de métodos. Escoja algunas frases de cajón sobre los siguientes
métodos rutinarios:
 método de aislamiento de DNA genómico
 método de extracción de RNA
 método de PCR
 método de qRT-PCR
 método de clonación
 método de crecimiento de plantas in vitro
 método de transformación genética
 método de extracción de metabolitos
 método de medición de metabolitos
Usando esas frases de cajón en ingles, escriba una parte de la sección de métodos de su
tesis o de su articulo. Hágalo en ingles. Remplace los valores por los suyos.
Ejercicio 8. Revisión de un artículo rechazado
La tasa de rechazos de artículos científicos en su primera vuelta es de ~93% (APA,
estadísticas de 2012). ¿Cómo funciona el proceso de publicación en revistas científicas?
Averígüelo.
Es normal que los autores enfrenten dificultades cuando intentan publicar sus manuscritos
científicos. Hay pocas cosas más decepcionantes que la noticia de que su manuscrito fue
rechazado. ¿Por qué? Le dedique tanto pensamiento, tiempo y atención, ¿y ahora ha sido
rechazado o devuelto para revisiones importantes? Tales noticias son comunes y
desmotivantes, pero se deben considerar de manera positiva. Es muy poco probable que un
artículo sea aceptado a la primera. Una solicitud de revisión menor o mayor es una noticia
muy buena en si. Después de todo, la revista científica si está interesada. Una solicitud de
revisión es una invitación, incluso un rechazo es otro tipo de invitación ― una invitación
para revisar y mejorar su publicación y enviarlo a otra revista científica, ya sea de menor o
mayor impacto.
Uno de los aspectos más frustrantes cuando se recibe este tipo de noticias es el hecho de
que las cartas raramente están personalizadas. Generalmente se manda una carta modelo, es
decir, se trata de la misma carta enviada a todos los autores cuyos artículos no cumplen con
los criterios de la revista científica, sin importar el problema específico que un determinado
artículo pueda presentar.
Los editores de revistas científicas reciben cientos o incluso miles de artículos por mes, de
modo que cada vez que llega un nuevo manuscrito a su escritorio, la primera consideración
es generalmente (y tristemente) encontrar razones para rechazarlo. Una vez que estas
razones han sido identificadas, se dedica poco tiempo al manuscrito. El editor de la revista
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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científica se basará en la opinión de los revisores y probablemente no leerá su artículo, a lo
mucho los comentarios de los revisores. Existen cuatro categorías principales de decisión:
1) accepted as is (~5%)
2) minor revision (10%)
3) major revision (30%)
4) reject but encourage resubmission (10%)
5) rejected (40%)
Si lo invitaron a volver a enviar su artículo, por favor realice los cambios teniendo en
cuenta los comentarios de los revisores. También necesitará escribir una carta al editor
informando los cambios que se llevaron a cabo.
Este ejercicio es para reforzar las siguientes habilidades:
-Comprensión y aceptación de las cartas de rechazo
-entender los cambios solicitados por los revisores
-aprender a realizar los cambios solicitados
>Re: MS: 7891283546954217
>Genetic, metabolic and enzymatic changes associated with carbon
>mobilization, utilization and replenishment triggered in grain amaranth
>(Amaranthus cruentus) in response to partial defoliation by mechanical
>injury or insect herbivory Paula A Castrillón-Arbeláez, Norma A
>Martínez-Gallardo, Hamlet Avilés-Arnaut, Axel Tiessen and John Paul
>Delano-Frier BMC Plant Biology
>
>Dear Dr Delano-Frier
>
>Thank you for considering BMC Plant Biology for your manuscript
>(above). Peer review of your manuscript is now complete and, in the
>light of the reports, I am sorry to say that we cannot consider the
>manuscript for publication in its current form and are closing your
>file. The reviewers' comments are accessible in PDF format via the
>links at the bottom of this email.
>Please contact editorial@biomedcentral.com if you have any problems
>opening the files.
>
>As you can see from the reports, all three referees had a number of
>comments that you will need to address before we can consider your
>manuscript for publication. Please note that Referee 1's review was
>submitted as an Additional file.
>
>In addition to the referees comments, your manuscript has been assessed
>by an academic Section Editor and Associate Editor who both agreed that
>extensive changes were needed to the manuscript. These were the
>Associate Editors comments:
>
>"This is an interesting and timely study addressing the phenomenon of
>plant tolerance against defoliation by insect herbivory.
>Unfortunately, as pointed out by two expert reviewers, the presentation
>of the data is not sufficiently clear, and data support of the main
>conclusion is not very strong. Therefore the manuscript cannot be
>accepted for publication.
>In my view, however, a thoroughly revised manuscript, in which the
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
27
>reviewer's concerns have been adequately addressed, may eventually make
>a valuable contribution to BMC Plant Biology. The authors should be
>encouraged to resubmit a fully revised manuscript (new submission with
>full review) if they feel able to solve the issues raised by the
>reviewers."
>
>Please note that we think it may be possible to revise your manuscript
>to address these comments but that this would require longer than our
>standard revision period. However, we are willing to consider your
>manuscript further once all the concerns have been addressed.
>Therefore, if you are able to address all of these concerns, please do
>submit a new manuscript to BMC Plant Biology. If you are able to do
>this, a full covering letter, explaining the revisions made, should
>accompany the submission.
>
>Please note that this decision applies across the BMC-series of
>journals (http://www.biomedcentral.com/info/authors/bmcseries#journallist).
>Therefore, if you were to submit your revised manuscript to another
>journal within the BMC-series, your submission should also be
>accompanied by a full covering letter.
>
>Thank you for your interest in BMC Plant Biology.
>Best wishes,
>Simon Harold
>Executive Editor
>BMC Plant Biology
> on behalf of Andreas Schaller
>
>Tel: +44 (0) 20 3192 2013
>e-mail: editorial@biomedcentral.com
>Web: http://www.biomedcentral.com/
>
>Referee 3: http://www.biomedcentral.com/imedia/1887973016734945_comment.pdf
>Referee 2: http://www.biomedcentral.com/imedia/1280319319724861_comment.pdf
>Referee 1: http://www.biomedcentral.com/imedia/9867955097199538_comment.pdf
>
>Additional material submitted by the reviewers
>Referee 1:
>http://www.biomedcentral.com/manuscript/review/attachment/pdf/3058786597199538.pdf
Descargue los comentarios de los revisores y léalos.
¿Estaría usted deprimido con el rechazo? Pudiera encontrar la motivación para editar el
manuscrito y mejorarlo?
Ejercicio 9. Carta de respuesta (cambios mayores)
Tarea: Lea la siguiente carta que se escribió como respuesta al editor.
Dear Dr. Andreas Schaller:
Please find the revised version of the MS entitled "Genetic, metabolic and enzymatic
changes associated with carbon mobilization, utilization and replenishment triggered
in grain amaranth (Amaranthus cruentus) in response to partial defoliation by
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
28
mechanical injury or insect herbivory" (BMC Plant Biology; MS: 7891283546954217).
The MS was extensively modified and shortened in order to comply with the
recommendations made by the reviewers. We also thank the editor and all 3 reviewers for
their very useful comments and suggestions that allowed us to improve the quality of the
MS. A detailed description of the specific changes and additions that were made to address
each of the reviewer´s concerns follows.
Reviewer number: 1
Reviewer's report:
Major Compulsory Revisions:
1. The presented data are very descriptive. Additional experiments maybe with mutants (if
available) or with carbohydrate-feeding or carbon starvation are necessary to support the
hypothesis.
Yes, we agree, it would be great to have mutants to perform further experiments like in
arabidopsis. Unfortunately, there are no mutants available for grain amaranth. We will
consider feeding experiment with radio-labeled CO2 in response to defoliation in future
studies. We have indeed performed some shading experiments and included them as data
not shown in the new version of the ms. One of the experiments performed compared the
short-term effect of 100% defoliation with that of shading under 80% reduced light
intensity for 3 days (the same time needed to reach 100% defoliation). It was found that
both treatments drastically reduced C reserves in all tissues examined 1 day after the
treatments were concluded. This C starvation experiment supports the proposal that
carbohydrate reserves are being actively used to sustain the early recovery process when
the photosynthetic capacity is impaired, either by reduced leaf area or shading. These
results are available if requested. They are also briefly mentioned in Results and Discussion
in page 7, lines 8-13.
2. Overall the manuscript includes a lot (too many?!) data, information, interpretations. The
important results/information “disappears in the crowd”. Therefore the text has to be
shortened and condensed considerably. Maybe a scheme is useful for understanding.
The manuscript was extensively edited and shortened. All data pertaining cDNA and
genomic sequences was summarized in a couple of tables. Description of the two promoters
was reduced to a short paragraph. The anomalously long paragraph describing the genes
selected for expression analysis and the criteria for selection were condensed in another
table, which is presented as Additional File 1. In an effort to be as concise as possible,
many unessential comparisons with other defoliation studies in unrelated species were
eliminated together with their respective references. Many speculative passages in the MS
were also eliminated and both the abstract and the conclusions were changed to try to
emphasize the main findings of this study.
3. Some of the results / interpretations are not sound: e.g.
a. p. 15 first chapter: Is it really “mobilization”, maybe starch synthesis was
depressed?!
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
29
Yes, we agree. When starch is degraded, synthesis is certainly depressed. In
Arabidopsis there is no starch turnover (Zeeman, Tiessen et al., 2002 Plant Phys 129
p516). The experimental evidence (from this study and unpublished data) strongly
suggests that reduced starch levels in amaranth tissues, but mostly in leaves,
detected shortly after defoliation is due to breakdown (by an increased amylase
activity, which is supported by genetic and biochemical analyses) and subsequent
mobilization to other tissues. However, the starch synthesis was certainly reduced as
a consequence of defoliation, even more considering that some of the starch
biosynthetic genes were down-regulated at early time points (see results).
b. At some time points (e.g. 5 dppd) the activity of all sucrolytic enzymes is
significantly improved but there is no effect visible in the resulting hexoses content
(Fig 1 B).
Yes, this is sometimes the case. Enzymes need time to have an impact on large
metabolite pools like those of sugars. See sentence added in Results and Discussion, pages
7, lines 6 to 8.
Minor Essential Revisions:
1. State on possible season-dependent changes in the NSC; are they differences between
results in fall-winter of 2010 and spring of 2011 Is this a possible reason for the different
results between Fig. 1 and additionally Fig 8 !
Yes, there might be some season-dependent changes. Amaranth is a plant that displays a
very plastic response to the environment (temperature, light, photoperiod, etc). However,
the differences between the major experiments performed in different seasons (one in the
fall-winter and two in the spring) rather point to similar overall conclusions. This is mostly
due to the insensitivity to photoperiod that characterizes A. cruentus. The absence of this
trait in A. hypochondriacus significantly limits the latitude at which this species can be
cultivated. In fact, the experiment in which the atypical long-term sequestration of C as
starch in roots and stems of MD plants occurred in one of the two experiments performed in
the spring of 2011.
2. Why did you choose 1, 5 and 30 days for experiments? Why not 10 and or 15 dppd?
The sampling times at different days post partial defoliation was based on preliminary
experiments [Vargas-Ortiz, 2009; Fomsgaard et al., 2010]. They were designed to
determine early (1 dppd) and intermediate (30 dppd, at the start of the flowering stage)
responses to defoliation. The 5 dppd time point was included since it was found to be the
time required for many early responses to defoliation, particularly those caused by insect
herbivores, to reach their maximum levels of expression. Late sampling periods (i.e ≥110
dppd; fully mature plants) were also considered in the experiments mentioned. We did not
mention this late sampling time in the original manuscript but are doing so now, as it was
included to collect grain to measure yield. In addition, plant height was measured at the
three time points selected, whereas the total number of leaves and stem nodes was
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
30
determined at 30 dppd. The effect of defoliation on yield and phenology is mentioned in
Results and Discussion page 17, lines 22 to 23.
3. The “method” section and also parts of the other text are circuitous and too long. They
have to be shortened.
Yes, we agree fully. The manuscript was indeed extensively edited and shortened.
4. Are some results in 60 days old plants “senescence effects”?
The evidence we have from 60-day-old HD plants could suggest both scenarios: premature
senescence or accelerated development. The premature flowering observed could have been
an escape response to ensure reproduction in plants exposed to the threat of insect
herbivory, whereas the increased abscission of mature leaves could certainly be interpreted
as a senescence effect (this piece of information was added In Results and Discussion in
page 17, lines 16 to 29).
5. Some results deals with source-sink differences. Some information /literature to this
topic has to be added to the introduction By the way, where are the mentioned results for
sink leaves (e.g. p. 15)?
We added as requested some info on sink-source relationships (see paragraph in
Background page 4, lines 13-19). Regarding the comment on missing data, this arised from
an unclear description of the results (corrected in the new version of the ms).
6. Some recent literature is missing e.g.
We have added:
Vargas WA, Pontis HG, Salerno GL. (2008) New insights on sucrose metabolism:
evidence for an active A/N-Inv in chloroplasts uncovers a novel component of the
intracellular carbon trafficking. Planta; 227: 795-807. Added in Additional File 1 and Table
1.
Vargas WA, Pontis HG, Salerno GL. (2007) Differential expression of alkaline and
neutral invertases in response to environmental stresses: characterization of an alkaline
isoform as a stress-response enzyme in wheat leaves. Planta; 226:1535-1545. Added in
Additional File 1.
Murayama H, Handa S. (2007) Genes for alkaline/neutral invertase in rice:
alkaline/neutral invertases are located in plant mitochondria and also in plastids. Planta
225: 1193–1203. Added in Results and Discussion: page 12, line 29.
Nguyen-Quoc B, Foyer CH (2001) A role for 'futile cycles' involving invertase and
sucrose synthase in sucrose metabolism of tomato fruit. J Exp Bot 52: 881-889. Added in
Additional File 1.
Kerchev PI, Fenton B, Foyer CH, Hancock RD. (2011) Plant responses to insect
herbivory: interactions between photosynthesis, reactive oxygen species and hormonal
signalling pathways. Plant Cell Environ. Added in Results and Discussion: page 16, lines
11-13.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
31
Koch KE. (2004). Sucrose metabolism: Regulatory mechanisms and pivotal roles in sugar
sensing and plant development. Curr. Op Plant Biol. 7:235-246. Added in Results and
Discussion: page 11, lines 1- 3. Also in Additional File 1.
Reviewer number: 2
Reviewer's report:
Overall, this is a very good manuscript. The design is thorough and the analysis of both
metabolites and genes is a real strength. They clearly show a transient decrease in carbon
based storage compounds and an increase in invertase activity that indicates that reserves
are replenished. The concluding section is a nice synopsis of what they found.
We thank the reviewer for his positive comments.
I do have some suggestions for improvement. First, while I think there is much to like
about this MS, I found it challenging to read. The authors need to do much better at stating
the result (with reference to a table or figure) and then going into more detail on what was
found and how it fits our current knowledge. As currently written the results often begin
with the rationale for their work before telling us what they found. The current structure
makes it difficult to put it all together. I should add the results and discussion got stronger
which made me wonder if two different people wrote the section.
Yes, the reviewer was totally right. The manuscript was challenging to read. The new
version has been extensively edited. We hope it became better. When describing the results,
we tried to follow the sequence suggested. These were compared only with relevant studies.
Many other superfluous comparisons with unrelated species that contributed to the lack of
clarity in the original MS were eliminated. Please note that the genomic information
regarding the cDNAs and gene + promoter sequences obtained was summarized in two
tables. Also the information used a basis for the selection of genes that were analyzed in
this study was reduced to a single table that is presented as Additional File 1. We do hope
that the changes made will contribute to make this a more readable MS.
Second, I think the MS would be stronger if they had concluded with how their results
support (or not) the concept of induced sequestration. In addition they need to point out that
they are focusing on carbohydrates and not proteins. I would like to hear their thoughts on
how future work might benefit from an analysis of protein as well, especially given the
recent results of Gomez et al. (2010).
Long term C sequestration in stems and roots was only detected in one of three experiments
performed in this study. In addition, this response has been observed very sporadically in
our long experience with grain amaranth. More about this will be included in companion
study that examined predominantly the physiological changes that occur in severely
defoliated grain amaranth genotypes [Vargas-Ortiz et al., under review]. For this reason, we
attributed this result to the remarkable plasticity that grain amaranth can show in response
not only to defoliation, but to variable ambient conditions and/ or stimuli. We rephrased
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
32
this concept in an attempt to explain this behavior in Results and Discussion in page 8,
lines 14 to 18.
In response to the encouragement to give our point of view with respect to a protein-based
analysis in defoliated/ wounded plants prompted by the findings of Gómez et al. (2010), we
can argue that this study concentrated only on changes in NSC since previous data showed
that total N levels in all tissues of defoliated plants examined were no different from those
in control plants at four sampling times (1, 30, 60 and 110 dppd) [Vargas-Ortiz, 2009].
Protein levels in seeds of defoliated plants, including the abundant proteinase and αamylase inhibitors that can play a role as storage proteins, also remained unchanged
[Vargas-Ortiz et al., under review]. This was contrary to the above study showing active
short-term export of labeled N from leaves to roots of plants treated with JA to simulate
herbivory [Gómez et al., 2010]. The discrepancy was probably due to the very different
experimental set-ups, time-frames and plant models employed for N measurement (minutes
vs. days). However, a parallel proteomic analysis of leaves of grain amaranth treated with
JA or subjected to insect herbivory indicated that extensive changes in their protein
composition occur in response to these stimuli [Navarro-Meléndez 2009; Fomsgaard et al.,
2010]. Many up-regulated proteins were tentatively identified as being associated with
defense or the oxidative burst, but several remained unidentified. It is reasonable to predict
that some of these proteins could play a role in the defoliation tolerance process in grain
amaranth. For instance, one of these novel proteins was found to be highly inducible by
mechanical wounding, insect herbivory and JA treatment. Its functional characterization,
now in progress, yielded preliminary data suggesting that it could have a dual function in
development and defense [Massange-Sánchez, 2011].
Navarro-Meléndez A: Análisis proteómico del Amaranto, sometido a herbivoría
(Spodoptera exigua) y/o evocadores relacionados con la resistencia a insectos, MeJA. MSc
thesis. Cinvestav-Unidad Irapuato, Departamento de Biotecnología y Bioquímica; 2009.
Other comments:
1) At times the invertase names are different in the table and the text (A/N vs. N/A). Please
proof for accuracy. Thank you for noticing. We made several changes in both the main text
and tables. All neutral invertases are now written with the correct denomination as AhA/NI.
2) You might consider having more detailed table legends so it is more clear what
biological issue is being addressed. Done as requested.
3) The calculations on significance of relative transcript abundance needs to be clarified. Is
it really possible to get values of zero? Perhaps simply stating that the control plants had no
expression would be useful. How does this work and what does it mean? All expression
data in treated plant tissues was compared against untreated controls that were set at a base
value of 1 (This was explained in the Title of Table 3). I do agree that the use of zeroes was
very confusing, especially when other genes were labeled as not expressed (NE). This was
a mistake. All zeroes were eliminated and are all unexpressed genes are uniformly labeled
with the NE legend.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
33
4) You might want to cite the following papers that tackle some of the same issues.
Babst et al. 2009: We included Babst et al., 2008 [Lymantria dispar herbivory induces rapid
changes
in
carbon
transport
and
partitioning
in
Populus
nigra.
Entomologia Experimentalis et Applicata. 128:117-125])
Steinbrenner et al. 2011: Added in the main MS in page 17, line 22.
Reviewer number: 3
Reviewer's report:
This manuscript describes a comprehensive experiment to determine the effect of wounding
and herbivory on carbohydrate metabolism of Amaranth (A. cruentus).
Thank you for the compliment.
This paper is a follow-up of the authors previous transcriptomic analysis and
pyrosequencing of Amaranthus transcriptome.
Yes, indeed, it continues and expands our knowledge of grain Amaranth, a species that has
not been studied very extensively yet.
In the current manuscript, the authors attempt to correlate gene expression with changes in
carbohydrate and enzyme activity after wounding-herbivory. Their results indicate that
Amaranth starch and sucrose metabolism clearly responds to real or simulated herbivory
with changes in carbohydrate gene expression, enzyme activity, and the concentrations of
sugars and starch in various tissues.
Yes we agree.
The authors do a good job of providing a context and trying to explain the patterns
observed in terms of a predicted carbon sequestration response, but ultimately this is very
speculative and not easily seen in the actual data.
We tried to be less speculative in the new version of the MS.
The experiments are carried out carefully, so in my judgement this manuscript can be
published if a number of issues are addressed.
Thanks for the support.
Major comments.
1. One basic issue that should addressed as a caveat in the discussion and taken into
consideration in interpreting data is the choice of time points. One of the reasons there is no
consistent pattern could very well be that the response of wounding on carbohydrate
metabolism is superimposed on a dynamic state. It is clear from much of the metabolic data
(level of starch, or sucrose synthase activity, for example) that this changes dramatically in
the 30 day time period. One interpretation of the data is that wounding causes a shift in
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
34
phenology, i.e. more rapid mobilization of response and flower formation. Is there any
indication that phenology is altered? Given that the wound treatment is overlaid over a
developmental program, the effect on the overall program needs to be considered. So, a
shift in phenology would perhaps allow a better framework in which to interpret the data.
More time points might have been able to dissect this, but obviously there are logistical
limits. Therefore, I would encourage the authors to bring this into the Discussion, and
perhaps look at their data in this context.
As described in the main MS, the sampling times at different days post partial defoliation
was based on preliminary experiments [Vargas-Ortiz, 2009; Fomsgaard et al., 2010]. They
were designed to determine early (1 dppd) and intermediate (30 dppd, at the start of the
flowering stage) responses to defoliation. The 5 dppd time point was included since it was
found to be the time required for many early responses to defoliation, particularly those
caused by insect herbivores, to reach their maximum levels of expression. Late sampling
periods (i.e ≥110 dppd; fully mature plants) were also considered in the experiments
mentioned. We did not mention this late sampling time in the original manuscript but are
doing so now, as it was included to collect grain to measure yield. In addition, plant height
was measured at the three time points selected, whereas the total number of leaves and stem
nodes was determined at 30 dppd. The effect of defoliation on yield and phenology is
mentioned in Results and Discussion page 17, lines 22 to 23.
We agree that it is possible that the manifold differences observed between the genetic and
biochemical responses to HD and MD might have also reflected the different effect that
these treatments had on plant ontogeny. Thus unequal development (faster in HD than in
MD) probably meant that the plants from both treatments had a different plant architecture,
storage capacity, and/ or resource allocation, all of which are factors that are known to
strongly influence the ability of a plant to compensate for defoliation, when sampled,
particularly from 5 dppd onwards [Boege, 2005]. This concept was added in Results and
Discussion in page 17, lines 21 to 29, and in Conclusions, page 18, lines 22-24.
Boege K: Influence of plant ontogeny on compensation to leaf damage. Am J Bot 2005, 92:
1632-1640.
2. The choice of which isoform of a given gene the work monitors is not clear -how do we
know that these are the most relevant genes for a given enzyme. Is there transcriptomic data
in the authors' previous paper that can explain or justify this?
The answer is yes. Please refer to a new additional file (Additional File 1) prepared with the
tabulated list of genes analyzed in this study and the criteria used for selection.
3. Promoter analysis. I am not sure about the value of this section, and I would suggest
deleting it. The presence of these elements in promoters and superficial parallels to other
system don't have much meaning if there is no functional data available.
We agree. However we think that at least a passing mention of the most relevant finding of
the promoter analysis of both genes should be in the main MS. This was reduced to a single
paragraph in Results and Discussion, page 6, lines 12 to 20. We also feel that keeping the
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
35
bulk of the promoter’s information as 2 additional files, as originally presented, can be
useful to the readers. But it could be completely deleted if requested.
4. High level of speculation throughout. It seems to me one can find examples in other
systems of specific genes going up, and other genes going down, in response to any of the
treatments here. (" p17, paragr 3: " the above results are partially in agreement with studies
reporting wound-induced expression and repression of sucrose synthase genes …..". This
type of comparison does not provide support of their findings, since any conceivable result
would have such ‘support’ in the literature. Therefore, is it really of value to point out such
parallels in other plants without the functional proof? This makes the manuscript
excessively long, and there are too many citations. Thus there is little value of pointing out
superficial parallels on /one-off basis with a variety of completely different plants, with
likely very different physiologies to Amaranth. I would much rather see the comparison
with one or two similar large-scale experiments carried out in another relevant plant
species. The paper should be edited to remove the less important comparisons and put a
focus on some key reference species. Mixing results and discussion in one section makes it
more difficult to provide a global perspective on the overall physiology, and leads to many
separate references that seem quite unrelated. It is in fact a real challenge interpreting the
data that the authors collected, and likewise it is tough to make this into a manuscript. The
authors should really be clear on what they learnt 'for sure' from their experiments,
articulate this clearly, and then be clear on what they are speculating on. For example, one
clear result is that Amaranth carbohydrate metabolism does respond differentially to
herbivory and mechanical wounding, and that metabolite levels and gene expression do not
easily correspond.
Yes, we fully agree. The reviewer is right. We made an effort to reduce the speculative
level of the MS and to avoid weak comparisons that contributed little to the value of the
manuscript. This had the advantages of considerably shortening the text and reducing the
number of references. We hope that the message conveyed to the reader is now much
clearer. Some of the modifications introduced to achieve this have been described above.
We also tried to compare our results with related species, but found only limited
information in the literature. Defoliation studies in sugar beet, which can tolerate up to 75%
foliage loss, have been mostly performed to determine effect of defoliation on the sugar
yield and quality of the taproot, considering that the C reserves used for regrowth are
predominantly provided by this storage tissue [Tsialtas et al. 2009; Tsialtas et al., 2011]. On
the other hand, a short-term study performed in spinach found that leaf sucrose, but not
starch, was drastically reduced by defoliation only when plants were exposed to short-day
conditions [Baysdorfer and Robinson, 1985]. Another report found that the high tolerance
to salinity stress that characterizes the plant Atriplex subspicata compromised its resistance
to insect herbivory. This was apparently caused by the plant’s impaired ability to
compensate for injury due to an inefficient allocation of energy resources [Nabity et al.,
2006].
Tsialtas JT, Soulioti E, Maslaris N, Papakosta D: Genotypic response to re-growth of
defoliated sugar beets after re-watering in a water-limited environment: effects on yield and
quality. Int J Plant Prod 2009, 3: 1-18.
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
36
Tsialtas JT, Soulioti E, Maslaris N, Papakosta D: Effect of defoliation on leaf physiology of
sugar beet cultivars subjected to water stress and re-watering. Int J Plant Prod 2011, 5: 207220.
Baysdorfer C, Robinson JM: Sucrose and starch synthesis in spinach plants grown under
long and short photosynthetic periods. Plant Physiol 1985, 79: 838-842.
Nabity PD, Heng-Moss TM, Higley LG: Effects of insect herbivory on physiological and
biochemical (oxidative enzyme) responses of the halophyte Atriplex subspicata
(Chenopodiaceae). Environ Entomol 2006, 35: 1677-1689.
On the other hand, the results were compared with relevant long-term studies in woody
species, shrubs and grasses. The similitudes and differences in their responses to defoliation
found between A. cruentus and these species are described in Results and Discussion in
page 7, lines 27 to 30 and page 8, lines 1-13.
5. The importance of yield. One parameter that does not seem to be discussed is yield. I
don't know if this can be measured or estimated after the fact, but it seems that all the
factors examined here are based a tissue weight basis. Despite much flux, there seems to be
no data on the impact of herbivores on overall yield per plant. For example, we don't know
if the plants are smaller, and produce less biomass or seeds per plant, as opposed to per
weight. This would have been missed by the current parameters.
In this new version we have included it. We added in Methods page 19, lines 28-30, that
grain yield, plant height and number of leaves and stem nodes were measured in this study
at different time points. We also mention that defoliation did not affect yield nor plant
height in Results and Discussion page 17, lines 22 to 23, and Conclusions, page 18, line 13.
If deemed necessary we can include the figures showing these results, perhaps as additional
files. We emphasize that this degree of tolerance in terms of growth and yield has been
repeatedly observed in our experience with grain amaranth and is reflected in a companion
study [Vargas-Ortiz et al., under review], in which only 100% defoliation was able to lower
yield and to modify certain growth parameters in these plant species.
6. General style: there are some incredibly long sentences in this paper that really obscures
meaning. For example, the first paragraph of the Results section, p. 6.
We agree. We were actually trying to break a record. :-) Sorry. The extremely long
paragraph has been tabulated and is presented now as Additional File 1, as mentioned
above. Other changes were made throughout the MS in an attempt to provide a clear and
concise message. We do hope we succeeded in this objective. Nevertheless, we would be
more than happy to make further improvements if suggested.
Ejercicio 10. Cambios menores
>MS: 1149750429753191
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
37
>Metabolic and enzymatic changes associated with carbon mobilization, utilization and replenishment
triggered in grain amaranth (Amaranthus cruentus) in response to partial defoliation by mechanical injury or
insect herbivory Paula A Catrillón-Arbeláez, Norma A MArtínez-Gallardo, Hamlet Avilés-Arnaut, Axel
Tiessen and John Paul Delano-Frier
>
>Dear Dr Delano-Frier,
>
>Thank you for your revised manuscript. Our Associate Editor thinks that it does not requires further review
but did have some additional comments which should be addressed (see below).
>
>*************************
>Editor's comments:
>
>The manuscript was improved substantially as compared to the first submission. In this revised version, the
focus is much clearer and readability is much better. However, a few points remain to be addressed.
>
>Major:
>The first paragraph of the Results and Discussion section is about the
>selection of genes for further analysis. Anything unrelated should be
>removed. This includes the first sentence (The wealth of data ?) and
>the third sentence (Our basic interest was ?). With respect to the
>phylogenetic analysis, it should be made clear in which way it
>contributes to the selection of genes. Promoter analysis should be
>deleted, unless it provides additional support for gene selection
>(maybe via abundance of defense-related promoter elements). Conclude
>this paragraph with a statement that provides a link to the next
>paragraph. It could say that the expression of the selected genes will
>be analyzed and correlated to the changes in carbohydrate content and
>enzyme activities after HD and MD, as analyzed in the following.
>
>Minor:
>Page 2, line 17: ? growth and grain yield ??
>Page 2, line 18: delete this sentence (Promoter analysis of ?)
>Page 3, line 27: only published papers and papers in press should be cited
>Page 4, line 16: ? previous work has ?, or ?previous studies ?
>Page 4, line 17: reference to the previous sentence is unclear. What does ?Therefore, ?.? refer to? This
study is nor per se ?more comprehensive? than any study in ecological context.
>Page 5, line 4: What do you really want to say here? Are relationships in model species really assumed to be
more straightforward? What does straightforward mean in this context?
>Page 5, lines 18 and 19: make sure to explain all abbreviations (SuS,
>AGPase, ?) ; and be consistent: is it SuS or SuSy, as in additional file #2?
>Page 10, lines 9, 11, 18: same as above (AhVI-1, VI ?)
>Page 10, line 17: replace ?due? by ?because?
>Page 11, line 23: replace ?less? by ?least?
>Page 15, line 10: ? used as a marker ?
>Page 15, line 12: delete ?of this gene? on one of the two occasions
>Page 16, line 4: do insects urinate?
>Page 17, line 6: delete ?are hardy known to?
>Page 17, line 8: ? saline stress resistance ...
>Figures 3 to 7: labeling of the x-axis is unclear and should be explained in the figure legend: µmold of what
? generated in what time?
>Figue 1 and additional file #9: labelling of the x-axis is unclear and
>should be explained in the figure legend: starch cannot be given in
>µmol; was starch hydrolyzed and is it given as µmol glucose?
>additional file 8: is it InvV-1, or InvVI-1?
2014 Dr. Axel Tiessen. Metabolómica y Fisiología Molecular. CINVESTAV IRAPUATO
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>
>********************************************
>Other editorial requirements:
>Please make the following formatting changes during revision of your
>manuscript. Ensuring that the manuscript meets the journals manuscript
>structure will help to speed the production process if your manuscript
>is accepted for publication.
>
>1.) Competing interests:
>Manuscripts should include a ?Competing interests? section. This should
>be placed after the Conclusions/Abbreviations. Please consider the
>following questions and include a declaration of competing interests in
>your manuscript:
>Financial competing interests
>? In the past five years have you received reimbursements, fees,
>funding, or salary from an organization that may in any way gain or
>lose financially from the publication of this manuscript, either now or
>in the future? Is such an organization financing this manuscript
>(including the article-processing charge)? If so, please specify.
>? Do you hold any stocks or shares in an organization that may in any
>way gain or lose financially from the publication of this manuscript,
>either now or in the future? If so, please specify.
>? Do you hold or are you currently applying for any patents relating to
>the content of the manuscript? Have you received reimbursements, fees,
>funding, or salary from an organization that holds or has applied for
>patents relating to the content of the manuscript? If so, please
>specify.
>? Do you have any other financial competing interests? If so, please specify.
>Non-financial competing interests
>? Are there any non-financial competing interests (political, personal,
>religious, ideological, academic, intellectual, commercial or any
>other) to declare in relation to this manuscript? If so, please specify.
>
>2.) Tables: Please ensure the table title is above the table and the
>legend is below the table. For more information, see the instructions
>for authors on the journal website.
>
>3.) Figure titles: The figure file should not include the title or
>number (e.g. Figure 1...
>etc.). The figures are numbered automatically in the order in which
>they are uploaded. For more information, see the instructions for
>authors:
>http://www.biomedcentral.com/info/ifora/figures.
>
>*****************************************
>
>We would be grateful if you could address the comments in a revised
>manuscript with 'tracked changes'/coloured/underlines/highlighted text
>for all changes made when revising the manuscript to make it easier for
>the Editors to give you a prompt decision on your manuscript and
>provide a cover letter giving a point-by-point response to the concerns.
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>Please also ensure that your revised manuscript conforms to the journal
>style (http://www.biomedcentral.com/info/ifora/biology_journals
>). It is important that your files are correctly formatted.
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>We look forward to receiving your revised manuscript by 8 September
>2012. If you imagine that it will take longer to prepare please give us
>some estimate of when we can expect it.
>Please don't hesitate to contact me if you have any problems or questions regarding your manuscript.
>With best wishes,
>Elaine Cruz on behalf of Andreas Schaller
>e-mail: editorial@biomedcentral.com
>Web: http://www.biomedcentral.com/
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