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División de Ciencias Biológicas y de la Salud Ingeniería Bioquímica Industrial Ingeniería Enzimática Trimestre 2015-O Iztapalapa, D.F. a 28 de octubre de 2015 1. En un experimento se midió la tasa inicial de una reacción enzimática, v, a varias concentraciones de substrato [S]. La concentración de la enzima es 5 μM. Se graficó [S]/v versus [S] y se observó una línea recta con la ordenada al origen b=60 min y la pendiente m=0.2 mM-1 min. ¿Cuál es el valor de KM y el de Vmax para esta reacción enzimática? ¿Cuál es el valor de kcat para esta enzima? Respuesta: [S]/v Se observa que se utilizó la ecuación de Hanes-Woolf S 1 S K M v Vmax Vmax KM/Vmax 1/Vmax Los datos del problema son: m = 0.2 min mM-1 b = 60 min -KM 1 Vmax 5 mM min 1 0.2 K M 60 Vmax 60 min 5mM min 1 300 mM Sabemos que Vmax = kcat [E]t, por lo tanto Vmax 5 mM min 1 k cat 1000 min 1 E t 0.005 mM [S] 2. De los siguientes datos experimentales de una cinética de inhibición por sustrato: [Sustrato] Velocidad µM/min M 5 14.661 10 26.490 20 43.796 50 67.189 80 72.289 90 72.338 100 71.942 200 60.484 300 49.532 400 41.494 Calcule las constantes cinéticas Vmax, KS y KI Respuesta: Utilizando el método propuesto en el libro de Cornish-Bowden. El cuál consiste en invertir la ecuación de inhibición por sustrato 1 KS 1 1 1 S v Vmax S Vmax Vmax K I y eliminar el término que involucra KI, quedando la gráfica: 1/v 1/Vmax KS/Vmax -KS 1/[S] v 5 10 20 50 80 90 100 200 300 400 14.661 26.49 43.796 67.189 72.289 72.338 71.942 60.484 49.532 41.494 1/[S] 0.2 0.1 0.05 0.02 0.0125 1/v 0.06820817 0.03775009 0.02283314 0.01488339 0.01383336 0.08 0.07 y = 0.2933x + 0.0091 R² = 0.9987 0.06 0.05 1/v [S] 0.04 0.03 0.02 0.01 0 0 0.05 0.1 0.15 1/[S] Por lo tanto: 1 1 110.34 μM min 1 b 0.0091 K S m Vmax 0.2933 *110.34 32.37μM Vmax KI se obtiene de la ecuación: S max K S K I 2 2 S max 90μM KI 250.27μM KS 32.37μM 0.2 0.25 3. En un experimento se midió la tasa inicial de una reacción enzimática, v, a varias concentraciones de substrato [S]. La concentración de la enzima es 8 µM. Se graficó 1/v versus 1/[S] y se observó una línea recta con una ordenada al origen de 0.02 mM-1 min y la pendiente es 6 min. ¿Cuál es el valor de KM y el de Vmax para esta reacción enzimática? ¿Cuál es el valor de kcat para esta enzima? ¿Determine el coeficiente de especificidad? 20 M de un inhibidor, I, es adicionado y se observó una ordenada al origen de 0.025 mM-1 min y la pendiente es 6 min. ¿Qué tipo de inhibición se observó? ¿Cuál es el valor de Ki para el inhibidor con esta enzima? Respuesta: Se observa que se utilizó la ecuación de Lineweaver-Burk 1 KM 1 1 1/Vmax v Vmax S Vmax Los datos del problema son: m = 6 min b = 0.02 min mM-1 1/v -KM 1/[S] 1 50 mM min 1 0.02 6 min 50 mM min 1 300 mM Vmax K M 6 Vmax Sabemos que Vmax = kcat [E]t, por lo tanto k cat Vmax 50 mM min 1 6250 min 1 E t 0.008 mM k cat 6250 min 1 20.83 mM 1 min 1 KM 300 mM En presencia de una concentración de inhibidor [I] = 20 M Los datos del problema son: m = 0.025 min mM-1 b = 6 min 1 40 mM min 1 0.025 6 Vmax 6 min 40 mM min -1 240 mM app Vmax K Mapp KM/Vmax Comparando los parámetros cinéticos: app Vmax Vmax K M K Mapp Por lo tanto: Hay Inhibición Acompetitiva app Vmax Vmax I 1 K Ii Despejando KI KI I Vmax 1 app Vmax 20 μM 80 μM 50 1 40 ó KM K Mapp I 1 KI Despejando Ki KI I KM 1 K Mapp 20 μM 80 μM 300 1 240 4. Calcula la concentración de un inhibidor no-competitivo que produce 85 % de inhibición de una reacción catalizada enzimáticamente si su constante de inhibición (KI) es 17.6x10-4 M. Respuesta: Para un inhibidor no-competitivo el grado de inhibición está dado por: i% 100I K I I Despejando [I] I KI 100 1 i% 17.6 x10 4 M 0.01M 100 1 85